第三方支付机构主体资格及经营范围风险。《非金融机构支付服务管理办法》规定了非金融机构提供第三方支付服务的主体资格条件:“非金融机构提供第三方支付应当取得《支付业务许可证》，成为支付机构;支付机构须依法接受中国人民银行的监督管理，未经中国人民银行批准，任何非金融机构和个人不得从事或变相从事支付业务。”从事第三方支付除应当具有符合条件的主体资格外，经营范围也有较高要求:“支付机构应当按照《支付业务许可证》核准的业务范围从事经营活动，不得从事核准范围之外的业务，不得将业务外包。支付机构的分公司从事支付业务的，支付机构及其分公司应当分别到所在地中国人民银行分支机构备案。”根据以上要求，第三方支付机构开展经营活动必须经人民银行审批，同时应该在核准经营的范围内开展经营活动。
目前，经人民银行审批合法经营的第三方支付机构共269家，主体资质良莠不齐，而商业银行与第三方支付机构的合作正处在探索阶段，虽然商业银行总行在合作机构的遴选和资质考察方面较为审慎严格，但是部分分支机构为完成内部经营指标考核，在遴选合作机构过程中，更加注重合作的第三方机构能否为自身带来更多的经营收益，合作的业务范围能否最大化的创造利润，因此在主体资格和业务经营范围方面的考察失于严谨。同时，因商业银行的分支机构相对独立，总行对分支机构的合作情况缺乏统一管理，更无法做到对合作第三方支付机构的动态监管，但是当一家分支机构的合作第三方支付机构出现风险时，往往导致出现全行性声誉风险。
第三方支付平台交易安全风险可能波及银行系统声誉或安全。第三方支付机构与银行各接口进行对接，集成网关，隔绝了商户网络、用户网络与银行网上银行之间的联系，虽然第三方支付在技术上不断取得突破，效率提升，安全保障功能也加强了，但是在第三方支付平台中的交易模式中，无论是签订服务合约还是进行资金的委托保管都是置于虚拟的网络环境中，而在交易过程中，因为第三方支付平台系统漏洞或者是网络钓鱼、木马病毒或黑客入侵导致的交易信息的泄露会极大的侵害交易者的财产安全权。消费者在自有资金受到损害时，通常认为保障资金安全是商业银行而非第三方支付机构的责任，第一时间联系银行寻求保护，无法追偿资金时，寻求多种手段向银行追偿，这种寻求救济的思路之下，商业银行极易产生被诉风险，若处理不当，更容易引发严重的声誉风险。
消费者隐私信息泄露被利用攻击银行客户账户。在第三方支付平台代收代付消费者资金的过程中，为了保证交易的真实有效性，第三方支付机构往往需要消费者提供一系列的个人资料信息，同时也可以利用技术方法获得更多他人的个人信息，如果这些留置于第三方支付平台数据库中的庞大个人信息群，一旦因为管理疏漏或者网络的客观风险泄露或扩散，被不法分子收集利用攻击银行客户账户，不仅导致客户财产及信息安全受到侵害，同时也使银行的账户安全遭到侵害，加重银行对客户账户的安全管理义务。
商业银行无法及时监测违法行为。由于第三方支付的主要目的是通过提供技术平台,促进交易顺利完成,对交易的目的、对象以及真实性并不刻意注重,因而极易导致违法犯罪行为的乘虚而入。在第三方支付中，通过一张信用卡、一个支付宝账号和互相串通的买卖双方，就可以将信用卡里的钱成功套现，而在交易中，商业银行只是被动接收付款指令，而不能掌握交易信息，很难对交易背景的真实性做出判断，一旦买卖双方互相串通，信用卡套现将会变得十分容易。此外，第三方支付是伴随网络经济的产物，网络经济除具有隐蔽性的特点外还具有匿名性，为洗钱犯罪提供了很大便利，商业银行很难根据《反洗钱法》的要求履行建立客户身份识别制度、客户身份资料和交易记录保存制度的义务，商业银行面临较大的反洗钱压力。
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