李振基在生态学和植物多样性领域做出了显著贡献。他的研究论文涵盖了多个主题，从生物多样性系统理解、区域物种多样性评价到特定生态系统的生物地球化学循环。例如，他与Chen J K, Ruan Y Q合作的《Frontiers of Biology in China》一文中，探讨了不同自然保护区的生物多样性能力、连通性和质量（2009年4月刊）。
王明莉等人也与他共同研究了一个综合评价区域物种多样性的指数（2010年厦门大学学报）。在蕨类植物生物多样性方面，叶文和李振基的研究关注了武夷山脉的物种分布（2007年厦门大学学报）。汪秀芳等人的工作探讨了植物在硅生物地球化学循环中的作用（2007年生态学杂志）。
李振基的论文还涉及了武夷山本地园林植物功能多样性的研究（2006年中国科学技术协会会议论文集），以及硅在Moso bamboo community生物循环中的角色（2006年浙江大学B卷）。此外，他的研究还涵盖了南亚热带雨林种子库幼苗萌发与光照条件的关系（2006年厦门大学学报）和福建省Selaginella物种多样性综述（2005年Acta Phytotaxonomica Sinica）。
李振基和陈圣宾的研究探讨了外来植物入侵机制中的化感作用（2005年生态科学），以及农业发展转型期景观格局（2004年复旦学报）。他的工作还包括对武夷山脉生物多样性流的深入分析（2006年自然科学进展）和不同植被类型的时空模式研究（2003年Marine Science Bulletin）。
厦门大学生命科学学院教授，中国生态学会常务理事，福建省科协委员，福建省生态学会理事长，中国生态学会科普工作委员会主任，中国生态学会自然保护区与国家公园专业委员会副主任。