人力资源公司可以差额征税。
根据财税［2016］47号规定，纳税人提供人力资源外包服务，按照经纪代理服务缴纳增值税，其销售额不包括受客户单位委托代为向客户单位员工发放的工资和代理缴纳的社会保险、住房公积金。这并不是优惠政策，不管是一般纳税人还是小规模纳税人其人力资源外包服务的销售额本不应包含受客户单位委托代为向客户单位员工发放的工资和代理缴纳的社会保险、住房公积金。
一般纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。