南京审计学院拥有多元化的院系设置，其中包括国际审计学院，设有审计、国际审计和工程管理三个系，涵盖审计学（教育部特色专业）、工程管理（校级特色）等专业，具备硕士授予权。学院师资力量雄厚，教授副教授比例较高，并具备国际认可资格。近五年来，学院取得多项国家级课题，发表权威期刊论文，出版学术著作，拥有精品课程和教材，致力于培养具有国际视野的专业人才。
会计学院历史久远，曾经历多次整合与扩展。1983年成立会统系，1991年独立为会计系，后增设财务管理专业，并于2002年合并南京金融高专的会计系。2005年会计学院成立，设有会计、财务管理、研究所等，培养应用型会计人才，就业率稳定。此外，学院还设有管理学院和金融学院，分别提供工商管理、市场管理和人力资源管理，以及金融学、保险等特色专业，为江苏省金融发展贡献力量。
学院注重国际化办学，与英国龙比亚大学等建立合作关系，经济学院拥有省级重点学科和特色专业，研究生教育发展迅速。法学院师资强大，毕业生就业广泛。信息科学学院以信息管理、计算机科学与电子商务为主，外语学院和国际文化交流学院则致力于语言教学与文化交流。学院师资队伍以高职称、高学历教师为核心，培养复合型和国际化人才。
继续教育学院是学院的重要组成部分，提供本科及专科学历教育，包括自学考试助学专业和国际联合培养项目，同时为审计系统及企事业单位提供在职培训，致力于开放式继续教育服务体系，满足各类人员的教育需求。
南京审计学院，是我国唯一以“审计”命名的高等学府，是一所拥有较高社会知名度、美誉度的财经院校。1991年由审计署直属；2000年，调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；2011年变更为三部一省共建（审计署，教育部，财政部，江苏省）。学校与国家审计署同时诞生，与中国审计事业同步发展。积极树立“大审计”教育观，打造审计最高学府。2007年，被国际内部审计师协会（IIA）认定为中国唯一的“全球内部审计教育伙伴”（IAEP）合作级院校，成为IIA在全球认定的39所高校之一。