沪通铁路的越江桥址经过多次调整后，最终确定在锡通过江通道上建设长江大桥。这个通道位于江阴长江大桥下游约45公里处，距离苏通大桥40公里，旨在充分利用过江资源，确保铁路与航道的安全。
经过多年的河势治理和航道控制，如皋沙群区域的建设条件已经满足，特别是澄通河段，沪通铁路沪通长江大桥的选址在那里，总长度达到11公里。大桥设计为两塔五跨斜拉桥，兼顾两股普铁、两股城际铁路、六车道高速公路和50万伏电缆的综合性通道，主航道桥的净高与苏通大桥相同，确保了船只的通行。
铁路线路的具体走向也发生了变化，中铁第四勘察设计院集团有限公司对宝山区内的线路进行了调整，大部分路段将采用高架设计。预计从浦东到南通的列车时速可达200公里，全程大约1个半小时。进入上海嘉定区后，线路沿A13东侧行走，设有徐行站，接着南跨练祁河进入宝山区，经过A30后向东，沿着A30快速公路南侧，最后引入杨行站。除了车站，其余路段均为高架设计。
总的来说，沪通铁路的越江桥址和线路设计经过了精心规划，旨在实现高效交通与航道安全的和谐共存，为乘客提供便捷的出行选择。
沪通铁路自2008年2月立项至今，跨越长江工程方案一直是研究和论证的重点。针对沪通铁路原苏通公路大桥下游桥隧越江方案，环评单位已于2009年12月完成了环评报告的编制工作，近期铁道部与交通运输部达成共识，为充分利用过江资源，同时保证铁路与航道安全，在规划的锡通过江通道上建设沪通铁路长江大桥，并形成综合性过江通道。