在三藩刚刚平定不久，割据台湾的郑氏家族发生内乱。起因是1662年
郑成功病逝后，其子郑经立。1681年，郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子克塽继承延平王位。郑克塽年幼，成为冯锡范的傀儡。康熙在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。1681年七月，康熙下诏“以
施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取
澎湖、台湾”。
1683年，施琅率领战舰三百，精锐水师二万，进攻澎湖。经过七天激战，清军占领了澎湖。不久，郑克塽派人前来乞降，清军进驻台湾。
1684年，
清政府在台湾设一府（台湾府）三县（台湾、凤山、诸罗），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。在清朝中央政府的统一管理下，台湾与大陆的关系更加密切。