1、生物类型不同
细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物；病毒没有细胞结构。
2、遗传物质存在方式不同
细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）；病毒外面是一层蛋白质，称为病毒外壳，蛋白质外壳内部包裹着病毒的遗传物质，可以是DNA，也可以是RNA。
3、增殖方式不同
细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式-二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行；病毒自己不能完成新陈代谢，也不能完成繁殖，需要寄生在其它细胞内完成。
真菌的基本特点：
1、直接作用于菌体细胞
抗生素则能选择性地作用于菌体细胞DNA、RNA和蛋白质合成系统的特定环节，干扰细胞的代谢作用，妨碍生命活动或使停止生长，甚至死亡。
2、具有选择性
抗生素的作用具有选择性，不同抗生素对不同病原菌的作用不一样。对某种抗生素敏感的病原菌种类称为该抗生素的抗生谱（抗菌谱）。
3、有效作用浓度
抗生素是一种生理活性物质。各种抗生素一般都在很低浓度下对病原菌就发生作用，这是抗生素区别于其他化学杀菌剂的又一主要特点。各种抗生素对不同微生物的有效浓度各异，通常以抑制微生物生长的最低浓度作为抗生素的抗菌强度，简称有效浓度。
参考资料来源：