南大苏州校区和本部区别如下：
1、设置不同：南京大学苏州校区重点打造化生医药、材料能源与工程、电子与信息、地球系统与环境、人文与社会五大学科群；南京大学本部的院系主要有文学院、历史学院、外国语学院、物理学院、天文与空间科学学院、化学化工学院、大气科学学院、新闻传播学院、大气科学学院、外国语学院、商学院等。
2、位置不同：南京大学苏州校区选址在苏州高新区；南京大学本部校址位于江苏省南京市。
补充材料：
南京大学本部开设的专业主要有文学、语言学、文献学、戏剧影视艺术、哲学、中国历史、世界历史、考古文物、物理学、现代物理、光电科学、数学、地球科学、水科学、地质工程与信息技术、气象学、大气物理学、计算机科学与技术、电子工程、通信工程、信息电子学、材料科学与工程、量子电子学与光学工程、能源科学与工程、生物医学工程、广播电影电视、经济学、产业经济学、金融与保险学、国际经济与贸易、工商管理、会计学、营销与电子商务、人力资源管理学、英语、俄语、日语、德语、法语、西班牙语、朝鲜语、国际商务、政治学、行政管理、劳动人事与社会保障情报学、档案管理学、社会学、心理学、社会工作、环境科学、环境工程、临床医学、基础医学、口腔医学、软件工程、信息系统工程、嵌入式技术、建筑、城市规划与设计、对外汉语。