这类除草剂本身虽对植物有毒害，但经植物体内酶或其他物质的作用，则能钝化而失去其活性。由于药剂在不同植物中的代谢钝化反应速度与程度的差别，而产生了选择性。
1．均三氮苯类除草剂
西玛津与莠去津对玉米安全，而对大多数杂草有毒害。原因是它们在玉米体内发生3种反应：①脱氯反应：由于玉米根系中含有一种特殊解毒物质——玉米酮（2，4－二羟基-7－甲氧基-1，4－苯并嗪-3－酮），使莠去津迅速产生脱氯反应，生成毒性低的羟基衍生物。②谷胱甘肽耦合反应：由于玉米叶部谷胱甘肽耦合酶的作用，使莠去津产生谷胱甘肽轭合物，而丧失活性。③脱烷基反应：也是玉米对莠去津的解毒途径。
莠去津在玉米体内的代谢解毒
2．敌稗
水稻和稗草对敌稗的选择性差异，主要是由于它们叶中含有的酰胺水解酶活性差异造成的。水稻能迅速地水解钝化敌稗，生成无杀草活性的3，4－二氯苯胺和丙酸，而稗草含有酰胺水解酶的活性很低，难以分解钝化敌稗，故仍能维持敌稗的毒性。有机磷酸酯类和氨基甲酸酯类药剂对酰胺水解酶有一定抑制作用。因此，敌稗在水稻田应用不能与上述两类药剂混用或前后间隔应用，否则，易造成水稻药害。同样道理，敌稗可以同上述两类药剂混用，用于果园除草，具有增效作用。
敌稗在水稻体内的水解反应
另外，磺酰脲类除草剂在植物体内解毒作用主要是在谷胱甘肽转移酶的作用下与谷胱甘肽发生耦合反应。如氯嘧磺隆在大豆幼苗内发生谷胱甘肽耦合反应，而丧失活性。
氟乐灵可安全地用于胡萝卜地除草。这是由于氟乐灵在胡萝卜体内易产生N－脱丙基反应，而迅速失去其活性，而多种杂草反应能力差，能被氟乐灵杀死。