小说弘扬人间正气，把侠客义士的除暴安良行为与保护清官、协助清官断案完美的结合起来，表现了宣扬忠义、维护社会秩序、为国为民的思想。侠客们协助清官，与邪恶势力对立，仗义除暴，为民申冤，反映了基层人民群众的思想和愿望。小说明显地表达了人们对清明政治的要求和对是非善恶的态度，具有深刻的意义和认识价值。如小说揭露和抨击了太师庞吉恃宠结党营私，诬陷忠良；庞昱荼毒百姓，抢掠民间妇女；苗秀父子鱼肉乡里，重利盘剥；葛登云、马刚肆虐逞凶，为害地方等。同时，对嫌贫爱富的柳洪、雪中送炭的刘洪义、为人出头伸冤的张别古、嫁祸于人的冯君衡等，褒贬态度亦极鲜明。
作为中国最早出现的具有真正意义的武侠作品，对中国近代评书曲艺、武侠小说乃至文学艺术影响深远，称得上是武侠小说的开山鼻祖，由此掀起了各类武侠题材文学作品的高潮。
《三侠五义》有关武功技击（如点穴、暗器、剑诀、刀法、轻功提纵术等）、江湖勾当（如闷香、百宝囊、千里火、夜行衣靠、用毒、皮脸面具等）以及机关埋伏（如八卦连环堡）种种名目之演述，均对以后武侠小说之内容素材有决定性之影响。
此后武侠公案、短打评书盛极一时，例如《五女七贞》、《永庆升平》、《小五义》，民国《三侠剑》、《雍正剑侠图》等纷纷问世，清末民初亦有大量知识分子投身武侠小说创作，写了很多脍炙人口的佳作。
比如王度庐的《卧虎藏龙》，还珠楼主的《蜀山奇侠传》，一直到港台的金庸的《射雕英雄传》、古龙的《楚留香传奇》、温瑞安的《四大名捕》等等武侠小说都在它的影响之下。
而《三侠五义》侠义公案的故事，又成为各类戏曲的题材来源。如京剧《打銮驾》、《遇皇后》、《狸猫换包公太子》、《陈州放粮》、《花蝴蝶》、《打棍出箱》、《大破铜网阵》、《北侠除霸》、《打龙袍》、《五鼠闹东京》、《乌盆记》、《血手印》、《铡判官》（探阴山）、《卧虎沟》（艾虎招亲）、《茉花村》、《蒋平捞印》、《琼林宴》等24部戏曲都是敷演《三侠五义》的故事，《铡美案》（秦香莲）等包公戏也是深受《三侠五义》的影响。
《三侠五义》情节纷繁曲折而又条理清晰，语言通俗。俞樾评此书：闲中着色,精神百倍。如此笔墨,方许作平话小说，如此平话小说,方算得天地间另是一种笔墨。