一、滇东、滇中溶原、丘峰高原区
分布于赫章、水城、富源、罗平以西，建水、丘北和开远以北，元谋、东川以南。
1.岩溶地层
元古宙地层分布在昆明、玉溪以西，下古生界分布在珙王山以西，均为碎屑岩夹碳酸盐岩。珙王山以东上古生界和中、下三叠统灰岩广泛分布。主要岩溶含水层如下:
元古宇昆阳群:大龙口组为深灰色中厚层灰岩，厚378m;落雪组为白云岩，厚220～401m。
震旦系:陡山沱组为浅灰、深灰色薄层灰质白云岩，含硅质灰岩、钙质页岩，厚151～253m;灯影组为浅灰、灰白色薄层至中厚层含白云质硅质灰岩、硅质白云岩。
下古生界:下寒武统为灰色块状灰岩、泥质灰岩夹砂页岩，厚36～140m;中寒武统双龙潭组为浅灰、灰白色薄层至中厚层不纯灰岩、白云质灰岩，厚216m。
上古生界:中上泥盆统为灰岩、白云岩;下石炭统丰宁组为灰岩和白云岩，厚300m左右;上石炭统威宁组为灰岩，厚300m，马平组为灰岩;下二叠统阳新组为厚层灰岩，厚300～900m;中、上三叠统为灰岩和白云岩，夹页岩，厚600～2300m。
隔水层为下二叠统铜溪组、上三叠统乐平组、峨眉山玄武岩、大隆组以及下三叠统底部页岩。
2.构造
区内以NEE向和NE向构造为主。以小江断裂带为界，以西，SN向构造发育，褶皱构造多被破坏;以东，NE向构造发育，多为短轴褶皱，背斜、向斜交替排列，轴向NE25°～45°。
断裂构造以SN向和NE向断裂为主，主要断裂带如下:
小江断裂带:近SN走向，北与四川境内的鲜水河断裂相连，经西昌、巧家、东川、嵩明、宜良至华宁附近。在云南境内长约400km，宽30～50km，为活动断裂。
大关-水城断裂带:大致呈SN走向，北起大关北，南入贵州水城，长约500km。西侧并排有SN走向的大关-昭通断裂带，长约170km，宽约120km，为活动断裂带。
红河断裂带:是一条大型的走滑断裂带，NW走向，北起青藏高原东部，横穿云南西北部，经越南北部，一直延伸到南海海域，全长超过1000km。新近纪晚期转为右行正断层，形成哀牢山东侧的脆性断层，即狭义的红河断裂。
3.断陷盆地
滇东地区新生代断陷盆地较为发育，当地称为坝子，较大的断陷盆地有陆良坝(771.99km2，指面积，下同)、昆明坝(763.6km2)、洱海坝(601km2)、昭鲁坝(524.76km2)、曲沾坝(435.82km2)、嵩明坝(414.6km2)、平远街坝(406.88km2)、盈江坝(339.99km2)等。盆地大多沿断裂带发育，如沿小江断裂带发育的有嵩明、宜良、昆明等盆地，并形成滇池、抚仙湖等一系列的断陷湖泊;中甸-南涧断裂带(红河断裂北段)则控制着洱海断陷盆地的形成。断陷盆地内地形平坦，四周为高山环绕，高差较大。
4.岩溶含水系统
云贵高原岩溶现象十分发育，多呈溶原与丘峰地貌景观，溶丘、溶斗连绵起伏，表层为古近纪剥蚀面(石林剥蚀期)，古风化壳较厚，溶蚀地貌和溶洞发育，如著名路南石林和长达300m的芝云洞就是这一时期古风化壳的产物。
区内岩溶含水系统大多以背斜、向斜为基本单元发育，形成相对独立的含水系统，以断陷盆地或河流作为排泄基准面，径流排泄。断陷盆地与周围山区相对高差大，盆地边缘断裂构造发育部位往往形成岩溶暗河系统，汇集周围山区的岩溶水，以大泉或暗河的形式出露，排向断陷盆地中的湖泊或河流。
如昆明地区为一向斜构造，岩溶主要发育在石炭系灰岩和下二叠统的阳新组灰岩中，灰岩被外围寒武系砂、页岩等碎屑岩和玄武岩环绕、封闭，形成岩溶承压含水盆地，深部含水层具承压性，钻孔水头高出地表0.7～2.64m。黑龙潭上升泉为该系统的排泄点之一，泉水流量为130～4785L/s，动态滞后降水时间约一个月左右。
罗平草北海子穹状背斜，由石炭-二叠系碳酸盐岩与碎屑岩组成，背斜核部张裂隙密集，发育成溶盆，海拔1900m，周围山岭海拔2200～2300m，形成汇水盆地。溶盆内丘峰、溶原、落水洞及暗河发育，其中的岩溶地下水向水篆长河排泄。
二、黔西溶洼、丘峰高原区
位于云南盐津、贵州赫章、水城、云南罗平以东，南盘江以北，桐梓、兴义以西的地区。
本区北部，大娄山地形高峻，构成乌江与赤水河的分水岭;南部，高原面被南盘江、北盘江深切，形成深达200～300m的峡谷，最深可达600m以上，显得十分破碎。
1.岩溶地层
沿贵州金沙—毕节以北，广泛出露寒武-二叠系和三叠系碳酸盐岩，以南主要出露二叠系和三叠系碳酸盐岩。
下寒武统主要为碎屑岩，厚600m，顶部有厚140m的白云岩。上寒武统娄山关组以白云岩为主，夹泥质白云岩。二叠系假整合在寒武系、奥陶系、志留系和石炭系之上，栖霞组为深灰色灰岩，夹燧石和泥质条带，厚120～200m;茅口组为浅色白云质斑块灰岩，厚200～400m。三叠统，下统为飞仙关组泥岩，厚522m;中统均为灰岩，夹白云岩和泥岩，总厚890m。
2.构造
本区属黔北、川南和大娄山弧形褶皱区，构造线呈NEE向和近EW向，背斜多为宽缓的箱状，两翼北陡南缓，核部为下古生界;向斜狭窄，多呈尖棱状，核部多为中生界。毕节、金沙以南，褶皱平缓，走向逐渐变为NE向，以宽缓背斜和向斜为主，背斜轴部为上古生界，而向斜轴部则广泛出露三叠系碳酸盐岩。
背斜多形成位置较高的山地，向斜则成为地势较低的谷地，地质构造与地形基本一致。
3.岩溶含水系统
区内发育大娄山期和山盆期两个剥蚀夷平面，大娄山期剥蚀面，西部海拔2000m，向东高程逐渐降低到1500m，主要构成分水岭，面上发育小型溶洼和丘峰;山盆期剥蚀面由海拔1000～1500m的丘峰和溶洼组成，溶洼规模较大，多有红色残积土堆积，溶洞十分发育。
背斜轴部地势较高，形成岩溶化分水岭，成为相邻向斜岩溶含水盆地的补给区。向斜岩溶含水盆地上部多为潜水，下部为承压水，水量丰富。
大娄山及水城一带，由箱状背斜和梳状向斜组成，岩溶含水层呈带状分布，如贵州习水东部的宽缓背斜，位于分水岭，在奥陶系、二叠系和三叠系灰岩中，溶洼、溶盆呈带状发育，岩溶水向河流排泄。
大娄山以南地区，褶皱多为穹窿和短轴状，灰岩、白云岩纯净，只夹1～2层隔水层，由于南盘江水系深切，形成深达百米以上的峡谷，地表径流大部分被落水洞吸纳，向下进入岩溶暗河系统，向河谷排泄。
在分水岭地带以及深切河谷两岸，地下水埋深达数十米，甚至上百米，地表水系不发育，而深部横向岩溶暗河管道系统发育，且分布不均，使这些地区严重缺水，出现严重的石漠化。
三、滇东南溶原、峰林高原区
位于南盘江以南，建水、元阳、金平以东的滇东南地区。该地区是南盘江与元江的分水岭，地势向南显著降低，中和营—平远街为海拔1450～1500m的辽阔溶原，向南到马关溶盆，海拔降低到1250m。元江东侧蒙葱山地区为第二、第三剥蚀阶面的过渡带，海拔急剧降低，绿水河、盘龙江及南溪河深切，形成坡陡谷深的峡谷。
1.岩溶地层
下古生界主要分布在蒙自到麻栗坡一带的绿水河流域，上古生界和三叠系分布在开远、个旧以东的丘北和广南一带，以中三叠统的个旧组纯灰岩分布最广。
下古生界:中寒武统龙哈组为灰白色白云质灰岩夹粉砂岩、页岩，厚820m;上寒武统为白云质灰岩与砂页岩互层，厚1650m;下奥陶统为中至薄层灰岩与砂页岩互层，厚500～800m。
上古生界:中泥盆统为东岗岭组厚层灰岩、白云质灰岩、白云岩夹少量硅质页岩，厚70～1700m;上泥盆统为厚层状灰岩及白云岩，厚47～1004m;下石炭统为灰岩夹白云岩及少量硅质岩，厚37～685m;中石炭统为灰岩，厚0～1100m;下二叠统为厚层状灰岩夹白云岩，下部含硅质层。
中生界:下三叠统永宁组以灰色泥质灰岩、灰岩为主，局部夹少量钙质页岩或页岩，由西向东，厚度增大，厚392～1337m以上;中三叠统个旧组为白云质灰岩、白云岩及灰岩，下部白云质较多，厚度变化较大，厚111～1890m。
主要隔水地层有下寒武统、志留系、下泥盆统、中泥盆统下部碎屑岩，上二叠统底部的煤系地层，三叠系地层中的泥、页岩层。
2.构造
本区受红河深大断裂影响，断裂构造较为发育，主要发育NW向、NEE向和NE向3组相互切割断裂构造。
区内以短轴背斜、向斜及穹窿状褶皱为主，规模大小不一，背斜核部常以下古生界或泥盆系为核心，向斜核部则为石炭系—三叠系。个旧穹窿规模较大，由三叠系组成，直径约35km。屏边、马关一带主要为NE向倾伏背斜，砚山—八宝多为单斜构造。开远—中和营地区为紧密褶皱分布区，主要有开远及大马者长轴背斜。这些褶皱构造大多被断裂切割，形态不完整。
3.岩溶含水系统
个旧—蒙自地区，剥蚀面平坦开阔，保存良好，地形起伏50～100m，剥蚀面上保留有古近纪、新近纪形成的丘峰、埋藏石芽、溶斗、溶洼落水洞等新生代岩溶地貌。中和营、文山和平远街一带峰林地形发育。
滇东南地区，古近纪以后，红河大断裂活动频繁，形成一系列的正断裂，将古剥蚀面断落，形成一系列的断陷盆地，盆地边缘多悬崖陡壁，高差达400～800m。如个旧、文山草坝等断陷盆地，盆地外围剥蚀面上孤峰、峰林和溶洼发育，而盆地内侧边缘则有暗河、涌泉出露，断陷盆地成为周围剥蚀区岩溶水的局部排泄基准面。草坝断陷盆地，与东缘地形高差达700～800m，盆地内缘出露的大、小黑水洞泉水，流量为13.7m3/s。蒙自盆地北缘的南洞暗河流量为4.67～35.913.7m3/s，泉水汇成南盘江支流。
蒙自、文山和个旧以南为第二、第三剥蚀阶面的过渡带，绿水河流经第二剥蚀阶面时，河面开阔，溶盆中多良田;当绿水河在蛮耗进入第二、第三剥蚀阶面交界处以后，河流下切剧烈，水流湍急，多瀑布，谷深600m，沿岸伏流多;地表多竖井式落水洞，深达百米以上，汇集地表径流，补给与之连通的暗河系统。
中和营—平远街地区，属断裂褶皱区，位于南盘江、盘龙江和元江分水岭北侧，剥蚀面(海拔1450～1500m)上孤峰、溶洞、岩溶湖及泉发育，地下水埋深50～100m，地下发育六郎洞岩溶暗河系统，汇水面积约800km2，向南盘江排泄，流量为10.56～74.6m3/s。
总的来说，该地区北部古岩溶剥蚀面保存良好，溶原上古近纪峰林、掩埋石芽、溶洼等岩溶地貌发育，地下水位埋深较浅;由于地处红河山大断裂活动构造带影响范围内，次级正断裂将古剥蚀面断陷形成断陷盆地，盆地内、外高差400～800m，断陷盆地构成局部侵蚀基准面，盆地内缘常有暗河和泉水出露;中南部位于第二、第三古剥蚀面交界处，南盘江和元江水系深切，形成地域性的地下水排泄基准面，地下水位埋深大，地表竖井状落水洞发育，深达百米以上，地下暗河水系沿断裂构造发育，形成巨大的暗河水系，向南盘江和元江水系排泄，暗河埋深达200～500m。
四、黔中溶洼、丘峰与峰林山原区
本区北以乌江、鸭嘴河为界，南到独山、望谟一线，西起纳雍、水城、晴隆、兴仁，东至凯里余庆，主要为黔中高原，海拔1000～1300m，是长江与珠江水系的分水岭。
发源于区内的河流，上游，支流呈树枝状，河谷开阔，多为U形谷;中游，流经丘峰和溶蚀洼地，河谷开阔，支流减少;下游，进入第二与第三剥蚀阶面的交界处，河流侵蚀作用增强，河谷侵蚀深度达200～300m，两岸形成悬崖陡壁，河谷呈V字形。如北盘江支流打邦河，河谷地形裂点在黄果树，形成落差达66m的大瀑布，瀑布以上河谷开阔，以下就进入峡谷区。
1.岩溶地层
区内主要出露古生代碳酸盐岩，下寒武统清虚洞组为厚层灰岩，下部夹页岩，厚140m;中、上寒武统的厚层夹薄层白云岩、白云质灰岩、泥灰岩，厚545～1035m;中泥盆统为灰岩、泥质灰岩夹砂页岩，厚400～500m;上泥盆统为灰岩、白云岩，下部为页岩，厚350～600m;上石炭统为厚层灰岩、白云岩、泥质白云岩;下三叠统大冶组为厚层白云岩、泥质白云岩、中厚层灰岩，厚500～900m;中、上三叠统关岭组为白云岩和白云质灰岩。
主要隔水层为震旦系—三叠系的泥岩、页岩、煤系地层以及峨眉山玄武岩。
2.构造
本区发育不同走向的3个褶皱区。
NE向褶皱区:息烽、贵阳、安顺地区发育长轴和短轴褶皱，贵定和余庆地区发育箱状褶皱，褶皱轴向呈NNE向和NE向，以宽平向斜和陡窄短轴背斜居多，褶皱一般保存完整。断裂多呈NE走向。
NW向褶皱区:主要发育在六枝、关岭、紫云和望谟地区，主要为梳状褶皱，轴向走向NW，背斜狭窄，西南翼陡，东北翼缓，核部由泥盆系、石炭系和二叠系组成;向斜轴部宽平。断裂呈NW走向和近EW走向。
SN向褶皱区:主要分布在黔南地区，背斜轴向近于SN向，自西向东，有增谷-雅水背斜、平伐-通州背斜、黄丝背斜、贵阳-惠水向斜、贵定向斜和都匀向斜。
3.岩溶含水系统
黔中高原面上丘峰、孤峰、溶洼和溶洞发育，山盆期剥蚀溶原特征保存较为完好，尤其是在分水岭地区。第四纪以来，高原不断抬升，乌江和北盘江水系深切，形成深切峡谷，在峡谷陡壁上可见到多层溶洞。
第二与第三剥蚀阶面控制着岩溶地下水位的埋深，在远离河谷的第二级阶面上，地形平缓，地下水位埋深较浅，如安顺一棵树一带，褶皱平缓，地下水位埋深4～5m。在第二级阶面与第三级阶面交接地带，地下水位变化剧烈，水力坡度大，边缘地带溶洞发育，有泉水出露。如下司、麻尾地区，第二剥蚀面上，地下水埋深10～20m;在第三级阶面上，地下水埋深达40～60m;在两个阶面过渡带上，水力坡度从4增至25，溶洞、暗河十分发育。
由泥盆系、石炭系、二叠系和三叠系纯碳酸盐岩组成的褶皱普遍发育，背斜为正地形，成为补给区;而向斜则为负地形，往往构成完整的岩溶含水盆地，成为区内重要的岩溶含水系统。如六枝向斜，核部为中三叠统关岭组灰岩和白云岩，两翼为下三叠统大冶组纯灰岩，地表岩溶发育，地下形成管道型的岩溶含水层，向六枝河排泄;向斜深部为岩溶承压含水层，揭穿后水头高于地表。
黔南的惠水向斜，宽2km，长30km，补给区为东西两侧的雅水背斜和长顺-王佑背斜;核部为大冶组薄层灰岩和泥质灰岩，蒙江穿过核部，浅切上部潜水含水层，排泄地下水，潜水位埋深5～10m;向斜构造盆地中，承压含水层分别为阳新组灰岩和长兴组灰岩，上升泉流量为5～1L/s，最大可达130L/s，钻孔揭露水头高出地表1m左右。
下司、麻尾地区在地貌上处于第二、第三剥蚀阶面交界区，在构造上位于背斜倾伏端，断裂构造发育，形成规模较大的暗河水系，麻尾东的暗河长49km，暗河出口枯水期流量为1.2m3/s。