当前企业成为自主创新主体的两大瓶颈，一是资金，二是人才。
资金是企业创新的一大瓶颈，特别对于实力比较弱小的企业，以往要求研发投入占企业销售的2%以上，但往往达不到这个数。有些看来是超过了这个比例，仔细一查，其实是把许多基本建设、设备购置等也划了进去，实际研发投入仍是很小。这并不是企业不愿投入，而是没有这个力量。就以技术含量较高的制药行业而言，水、电、煤、化工原料、劳动力价格、GMP改造投入、“三废”处理费用等都在上升，但药价已降了19次。一瓶100片的“硝酸甘油”，市场售价4.90元，扣除原料、辅料、包装、制造费用等，企业能有多少利润？又有多少费用能用于研发？某一新药出厂价4.40元一盒，市售25元，中间的差价20余元由医院和流通领域获得。企业生存是何等的艰难。
从机构布局看，现在除国家级的科研机构外，各集团、行业有其中央研究院，企业有各层次的研究中心。此外，仅医药行业而言，全国还有400余家独立的研发机构，专门从事新品研究（当然以仿制药和工艺改进为主）和进行申报。由于信息的封闭和申报速度的竞争，有大量课题是低水平的重复，不少课题还基础数据不实。如果出现重大课题的冲突，则投资损失就更大。
国内企业资金的绝对量是小，但如果保持“不撒胡椒面”，把有限的资金集中于某一点，寻求点上的突破，并非一点优势都没有。所以有效的规划和领导，加强行业信息的沟通，防止内耗和重复付“学费”，是企业自主创新的外部保证。
人才匮乏是困扰许多企业自主创新的头疼事。企业工程技术人员是社会经济和技术发展的不可缺少的环节，实现“产学研”相结合，科研机构、大专院校的科研成果产业化一定要通过企业，通过企业工程技术人员实施扩大生产，合理简化乃至跃进一步的再创造，成为科技发展的新增长点。如果把发明、研究比作一个火星、火种，那企业就是使它成为可以为人类服务的熊熊烈火。
企业可以直接引进国内外技术，但价格一般无法承受。也可以采用“拿来主义”或是按目前经济全球化的特点，多渠道、多方法地利用人才。可以合作开发，可以委托开发，但归根结蒂企业必须有一支自己的技术队伍，这样才能有一个交流的平台，落实消化，合理布局，科学管理，形成产业，产生效益。
企业技术队伍有一个领导和形成梯队的建设过程，学术带头人要有组织能力、业务水平，在当今一般企业月薪待遇较低的情况下，更要有人格的魅力。政府的政策在这方面有明显的导向作用，但目前却存在着问题。企业工程技术人员（专家）退休待遇只有事业和机关同职称的1/2～1/3；获得同一项科技奖励，反映到退休待遇上，事业、机关是每月增加200元，而企业只能是20.80元/月。如此的差距，使技术主帅无心、下属寒心，何以组队奋进！
企业一旦成为自主创新的主体，可以大大缩短技术成果的转化时间，提升企业的技术实力。相反，如果国家投入大量人力物力得到的创新成果很慢才能转化，甚至不能转化为生产力，那么，不仅是社会资源的巨大浪费，而且也失去了创新的根本意义。这方面的教训难道还少吗？
所以说自主创新是企业的当务之急，有了观念上的更新，合理运用资金和多渠道广罗人才外，政府要更深入、仔细地研究对企业的政策，时时关注企业的发展。像宝钢、石化、上汽这样的企业毕竟是少数（事实上他们也受到国际大环境的压力）。广大中小型企业吸纳了大部分的社会劳动力，担负了一系列的社会义务，只有中小型企业稳定了、发展了，社会才会安定，经济才有实力，而创新正是使企业生存、发展的第一要务。
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