蛋白质的超二级机构、模体、结构域有2点不同：
一、三者的含义不同：
1、蛋白质超二级机构的含义：蛋白质超二级结构是指在多肽链内题序上相互邻近的二级结构盒盒在空间新金中靠近，彼此相互作用，形成规则的二级结构聚集体。在球状蛋白质分子的一级结构的基础上，相邻的二级结构单位（α螺旋β折叠等）在三维折叠中相互靠近。
2、蛋白质模体的含义：蛋白质模体指的是由2个或3个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间结构。它具有特征性的氨基酸排列顺序，并且同特定的功能相联系。蛋白质分子中由氨基酸残基空间排布形成具有特定生物学功能的结构模式。
3、蛋白质结构域的含义：蛋白质结构域是在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超又变给构紧密联系，形成两个或多个在空间上可以明显区别的局部区域。结构域与分子整体低价键超连，一般难以分离，这是它与蛋白质亚基结构的区别。
二、三者的的形式不同：
1、蛋白质超二级机构的形式：目前发现的超二级结构有三种基本形式：α螺旋组合（αα）、β折叠组合（βββ）和a螺旋-β折叠组合(βαβ)其中以βαβ组合最为常见。
2、蛋白质模体的形式：
（1）左手超螺旋：3根右手α-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；
（2）右手超螺旋：3根左手螺旋拧到一起形成一个右手超螺旋，如胶原蛋白；
（3）卷曲螺旋：相邻的2根右手α-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；
（4）螺旋束：多个α-螺旋的聚合体。
3、蛋白质结构域的形式：把蛋白质结构分为四类：α型、β型、α/β型以及其它类型的结构域结构。α型结构域结构主要由α-螺旋所构成，例如肌红蛋白的结构等。
β型结构域结构主要由反平行的卜回折所构成，通常是两个卜回折相互包裹在一起，例如质体兰素的结构等。α/β型结构域结构则是由α-螺旋所包裹的以平行β-链为主的。
扩展资料：
蛋白质结构域的性质：
1、结构域在空间上具有临近相关性即在一级结构上相互临近的氨基酸残基，在结构域的三维空间结构上也相互临近，在一级结构上相互远离的氨基酸残基，在结构域的空间结构上也相互远离，甚至分别属于不同的结构域。
2、结构域与蛋白质完成生理功能有着密切的关系，有时几个结构域共同完成一项生理功能，有时一个结构域就可以独立完成一项生理功能，但是一个结构不完整的结构域是不可能产生生理功能的。因此结构域是蛋白质生理功能的结构基础，但必须指出的是，虽然结构域与蛋白质的功能关系密切，但是结构域和功能域的概念并不相同。
3、结构域实质上是二级结构的组合体，充当三级结构的构件，每个结构域分别代表一种功能。
4、结构域之间常只有一段肽链相连，使域间容易发生相对运动，这将有利于活性中心结合底物或施加应力，有利于别构中心结合调节物和发生别构效应，以利于酶对反应的催化。
5、通过结构域容易构建具有特定三维排布的活性中心。
参考资料来源：百度百科-蛋白质超二级结构
参考资料来源：百度百科-超二级结构
参考资料来源：百度百科-模体
参考资料来源：百度百科-蛋白质模体
参考资料来源：百度百科-结构域
参考资料来源：百度百科-蛋白质结构域
结构域（domain）是蛋白中具有特异空间结构和独立功能的区域，就是属于超二级结构的，介于二级和三级结构之间，这里着重理解结构域是蛋白质发挥生物学效用的关键功能单位，并且具有特定的空间构型。——以上可以解释超二级结构和结构域。
而模体（motif）则是蛋白质分子中具有特定空间构象和特定功能的结构成分，一个模体总有其特征性的氨基酸序列，并发挥特殊的功能。motif一般也是超二级结构。
而motif和domain的区别可以这样理解：motif是蛋白中较小的保守序列片断，比domain小，若干motif可形成一个domain，因此motif可以理解为domain的一个亚单位。本回答被提问者和网友采纳