南校区门诊部是中山大学第二附属医院的延伸机构，为南校区师生员工和家属提供临床医疗及预防保健服务。门诊、急诊电话：84113093。
目前南校区门诊部设有以下科室：内儿科（包括肝炎专科、结核专科）、外科、妇科、中医科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、放射科、预防保健科、检验科、B超室、胃肠镜室等，部分检查需事先预约。
附属二院院本部根据南校区的实际情况派出部分专科、专家在南校区门诊部出诊。目前开设的专家、专科门诊如下：心血管内科、泌尿外科、内分泌科、神经内科，具体出诊时间由门诊部公告。
根据学校公费医疗管理条例，南校区师生患病首先到南校区门诊部就诊，到校外就医（包括到附属二院本部或附属二院南院）需先在南校区门诊部办理转诊手续。转诊手续如下：
1、因南校区门诊部技术和设备条件所限，对不能诊治的住院患者，由相应科室讨论或科负责人提出，报请主管业务副主任批准（急诊除外），转指定医院。
2、接诊医师认为确实需要转诊的门诊病人，经主治或以上的医师批准（急诊除外），开具转诊证明。每次转诊一次有效，到指定医院就诊。
在校外就诊后，回校凭转诊证明到财务与国有资产管理处公费医疗管理科（地址：中区护养院三楼，联系电话：84114118）办理医药费报销手续。如若事前没有办理转诊手续，在外就医的所有费用自理。
为方便教职工就医，附属二院在院本部、南校区门诊部与附属二院南院之间开设穿梭巴士，乘车地点：文科楼后指定的停车处。
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