1376年（洪武九年）改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。1428年弃安南后，明朝在全国设置两京十三使司，包括京师（北直隶）、陕西、山西、山东、河南（以上为北五省）、南京（南直隶）、浙江、江西、湖广、四川（以上为中五省）、广东、福建、广西、贵州、云南（以上为南五省）。共设置16都司、5行都司、2留守司。其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。五行都司是陕西（治甘州卫，今张掖）、四川（治建昌卫，今西昌）、湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。此外，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌思藏都司、朵甘都司（实际控制为当地宗教首领八大法王分辖各政教中心的寺院，还有各诸侯家属封地），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，以上均属羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。 明朝实行一省分置都、布、按三司的制度，原为防止地方权力集中。宣德后开始派部（六部）、院（都察院）大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政。景泰朝之后成为各省常制。总督主要署理军务，分短期与长期两种。巡抚主理民政，每省皆有，有的一巡抚辖两布政使地，如正统年间和山西河南巡抚。有的一省一巡抚。有的一省几巡抚。如北直隶有顺天巡抚（驻遵化）、保定巡抚（驻真定，今河北正定）、宣府巡抚（驻宣府镇，今河北宣化，一度兼领山西大同府）三巡抚；南直隶有两巡抚：应天巡抚（驻苏州府，今江苏苏州）、凤阳巡抚（驻淮安府，今江苏淮安楚州）。有的在几省交界处设置一巡抚，如南赣韶汀巡抚就越江西、广东、福建三省。 据《明史·地理志》记载，终明一朝有府140，州193，县1138。而根据《明史·兵志二》记载，明有卫493，所359。此外，明还设置了介于省和府、县之间的道。道分为分守道和分巡道两种。明代并改元的路为府，以税粮多寡为划分标准。粮廿万石以上为上府。廿万以下十万以上为中府，十万以下为下府。
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