深圳港地理位置优越，西部港区位于珠江口附近，距离珠江口约32海里，与香港和澳门的距离分别约为20海里和40海里，陆路则连接深圳市中心，路程大约30公里。东部港区则相对较远，水路至香港53海里，澳门75海里，黄埔121海里，与西部港区相距77海里，陆路到深圳市中心的距离缩短至22公里。
作为我国南方重要的交通枢纽，深圳港拥有发达的铁路网络。京九线和广深线与全国铁路系统紧密相连，1994年，我国第一条广深准高速铁路的建成进一步提升了深圳的交通便利性。公路方面，广深高速公路和深汕高速公路连接广州、惠州和汕头，为深圳的对外交通提供了快速通道。
深圳与香港的陆路口岸设施完善，南区设有文锦渡、罗湖、沙头角和皇岗路口岸，直接通达香港，便于两地间的人员和物资往来。此外，盐田至惠州的一级汽车专用公路的建设也在1993年完成，为两地的交通往来提供了便捷的公路网络。
深圳国际机场距离西部港区仅有22公里，这意味着深圳港与机场的海空联运非常便捷，为货物的快速进出和航空运输提供了极大的便利性。
深圳港位于广东省珠江三角洲南部，珠江入海口伶仃洋东岸，毗邻香港。全市260公里的海岸线被九龙半岛分割为东西两大部分。西部港区位于珠江入海口伶仃洋东岸，水深港阔，天然屏障良好，南距香港20海里，北至广州60海里，经珠江水系可与珠江三角洲水网地区各市、县相连，经香港暗士顿水道可达国内沿海及世界各地港口。东部港区位于大鹏湾内，湾内水深—12至—14米，海面开阔，风平浪静，是华南地区优良的天然港湾。