对结构没有影响，影响的是防水，这没有错。
具体做法，最好还是通过物业，否则物业有权要求你恢复原状，并承担损坏责任。
具体做法是，（假设110的管，下述数字供参考）
1、先把屋面500*500范围内的地砖、保温，等等清理干净，防水清理200*200范围；
2、金刚取孔150，孔口、孔壁凿毛成喇叭口（便于塞缝）；
3、安装通风管，仔细塞缝；
4、通风管与混凝土之间留20mm厚度用防水材料灌缝，防止屋面热胀冷缩裂缝渗水；
5、重新施工防水，与原防水搭接；
6、重新施工保温层、地砖等等；
切断两根板钢筋没有问题，对结构不会有影响。但是开裂基本上是一定的，屋面温差大，会开裂。所以要用柔性防水材料灌缝，要重新施工防水（和原防水搭接，并反到排气管上150高度），并施工保温，防止温差。
不过，私人施工，做到这么规范，难度比较大。
追问我这是南方的城市，一天温差不会差太大，冬天温度都是在5°~18°之间，，夏天25°~35°之间，只有隔热层和防水层，没有保温层。请问一下这个洞有没有必要打，不然卫生间没有窗户，也没有排气管的话那不就臭死去了？但是又怕以后漏水？
追答你为什么要在屋面打洞？为什么不在外墙打洞，然后装排气扇排到室外？
保温层是一定有的。
追问没办法，是房子的设计问题，卫生间设计在中间了，四面都是房间，没出入。以后要是漏水了能补吗？麻烦您给个意见，这个洞打还是不打？
追答你的房子可能是自己改的。照理说，设计单位会设计烟道的。按照规矩开孔，不会有事的。另外要搞定物业。另外，还可以通过吊顶，做水平排气管。