食品加工小作坊合法运营需要以下证件：
1. 工商营业执照：
前往所在地的工商行政管理局或工商所，办理工商营业执照。
2. 健康证：
前往所在地的疾病预防控制中心进行体检，并办理健康证。
3. 食品流通许可证：
携带个人身份证及复印件、健康证、房屋产权证或租房合同等相关资料，到所在地的食品药品监督管理局或监管所申请食品流通许可证。
4. 食品生产加工小作坊许可证：
向所在地的食品药品监督管理部门提出登记申请，办理食品生产加工小作坊许可证。
根据《企业经营范围登记管理规定》第五条，经营许可项目的申请人需按照法律、行政法规及国务院决定向审批机关提交申请，并在获得批准文件和证件后，向企业登记机关申请登记。审批机关若有对经营期限的限制，登记机关应予以登记，企业须在批准的期限内经营。对于一般经营项目，申请人可参考《国民经济行业分类》及相关规定，自主选择经营类别，并依法直接向企业登记机关申请登记。
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