1、性质不同
经济开发区根据开发区的规模等级，可以分为国家级开发区，省级开发区，市级开发区等。中工招商网资料记载，由国家划定适当的区域，进行必要的基础设施建设，集中兴办一两项产业。同时是给予相应的扶植和优惠待遇，使该区域的经济得以迅速发展。
1979年4月邓小平首次提出要开办“出口特区”，后于1980年3月，“出口特区”改名为“经济特区”，并在深圳加以实施。按其实质，经济特区也是世界自由港区的主要形式之一。
2、作用不同
经济特区以减免关税等优惠措施为手段，通过创造良好的投资环境，鼓励外商投资，引进先进技术和科学管理方法，以达促进特区所在国经济技术发展的目的。经济特区实行特殊的经济政策，灵活的经济措施和特殊的经济管理体制，并坚持以外向型经济为发展目标。
建立经济开发区，有的是为了推动科学研究，开发高技术产业，故又称为技术开发区。有的是为了引进外资，扩大出口，故又常常把这一类经济开发区与出口加工区相提并论。经济开发区是国家吸引外商直接投资的重要载体，在我国改革开放的经济发展进程里做出了重大的贡献。
3、优势不同
开发区根据国家相关外资产业政策，对外国直接投资企业的鼓励类项目进行税收减免（如企业所得税的两免三减半）、优惠提供工业用土地和其他一些优惠政策，吸引各种资金和实体投资办厂、办公司。
建立经济特区可以利用外资引进技术，提高产品质量，增强产品竞争力；可以利用外商销售渠道，适应国际市场需要和惯例，从而扩大出口，增加外汇收入；有利于引进先进技术，了解世界经济信息。
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