倒置荧光显微镜是一种特殊的光学设备，它是由荧光附件与倒置显微镜的巧妙结合而成，专为细胞等活体组织的荧光和相差观察设计的。这种显微镜在生物学和医学等领域中具有广泛应用，如组织培养、细胞离体培养、浮游生物研究、环境保护和食品检验等，因为被观察的活体样本通常在培养皿或培养瓶中。
倒置显微镜的设计特色在于满足了长工作距离的需求，以便直接观察培养皿中的样本。它的物镜、聚光镜和光源的位置进行了调整，使得显微镜能够在样本上方进行观察，这就是它被称为“倒置”的原因。这种显微镜特别适合于无色透明的活体观察，它为用户提供了一个理想的观察平台。
市场上的倒置荧光显微镜品牌众多，包括国际知名品牌如奥林巴斯的IX71和CKX41倒置荧光显微镜。近年来，国内显微镜制造商也不断提升技术，推出了一系列高性能的倒置荧光显微镜，例如MSHOT MF51。这款显微镜以其高荧光亮度和清晰的成像质量，接近于国际中档产品水平，证明了国内技术的崛起和竞争力。
倒置荧光显微镜是近代发展起来的新式荧光显微镜，特点是激发光从物镜向下落射到标本表面，即用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。光路中需加上一个双色束分离器，它与光铀呈45。角，激发光被反射到物镜中，并聚集在样品上，样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，反回到双色束分离器，使激发光和荧光分开，残余激发光再被阻断滤片吸收。如换用不同的激发滤片/双色束分离器/阻断滤片的组合插块，可满足不同荧光反应产物的需要。此种荧光显微镜的优点是视野照明均匀，成像清晰，放大倍数愈大荧光愈强。