中国合格评定国家认可委员会的组织机构包含了多个专门负责不同职责的部门，确保认可工作的高效运行。
秘书处：执行委员会决议，编制认可规则，管理内部管理体系，签订合作协议，处理认可申请及后续监督，处理申诉投诉，以及开展相关活动。
办公室：负责行政管理、公文处理、会议管理、计划实施跟踪、文字材料编写、重要事项督办、档案管理、资产管理等秘书事务。
人事处：管理人力资源，包括教育培训、薪酬福利、档案管理、退休管理和计划生育等。
财务处：负责财务管理，监督预算决算，资金管理，财务报销，以及职工薪酬和公积金等。
综合业务处：负责委员会管理、政务公开、法律事务、信息化管理、技术委员会工作等。
认证机构处：负责认证机构认可的申请评审、监督等工作，以及相关培训、统计分析和国际合作。
实验室处：负责实验室认可工作，包括申请评审、监控和国际合作。
检查机构处：负责检查机构及实验室的认可工作，监督生物安全法规性认可业务。
能力验证处：研究能力验证，组织能力验证计划，监督标准物质/标准样品生产者的认可。
评定处：负责机构认可项目审核、证书制作、收费管理、认可信息发布等。
评审员处：负责评审员发展、资格审查、培训和管理。
技术处：研究政策法规，认可规范，技术和实践研究，认可业务开发，科研与标准工作。
国际合作处：负责国际交流，信息收集，外事工作，翻译等。
质量处：协助管理体系文件管理，内部审核，员工培训，客户服务，申诉处理，标准化技术委员会工作。
督查处：负责专项调查、监督、投诉处理，以及标准化技术委员会相关工作。