植物新品种权和发明专利权之间，有着显著的区别。植物新品种是不能专利的产品，不能受专利法调整。在司法实践中，由于主流观点错误地认为植物新品种权与发明专利权最近似，常将专利权保护的有关制度适用于品种维权。此种做法，既不符合我国法律规定也不符合植物新品种的本质属性。
两者有以下主要区别：
1. 植物新品种和发明专利之间的本质属性不同。
植物新品种不属于发明创造，只是对现有植物的改造。植物新品种是对自然界原有产物的改进和利用，不是人们创造出来的一种全新的产物，不能以工业方法生产出来，因而不具备专利法意义上的创造性，故专利法规定对其不授予发明专利权。专利法上所称的发明创造，是指对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案。主要包括产品发明和方法发明两类。植物新品种和发明专利相比较，前者是改造，后者是创造；前者是结果，后者是程序；前者保持稳定性，后者追求发展性。
2. 植物新品种权和发明专利权的授权条件不同。
授予专利权的发明，应当具备新颖性、创造性和实用性。申请品种权的植物新品种，应当具备新颖性、特异性、一致性、稳定性和有适当的命名。两者相比，除对新颖性的衡量标准不同外，主要区别在于：授予专利权的发明要具有创造性和实用性；授予品种权的植物新品种只要求具有特异性，不要求具有创造性和实用性。
3. 植物新品种权和发明专利权的保护范围不同。
《国际植物新品种保护公约》的两个文本和我国的《植物新品种保护条例》都明确规定品种权的保护范围，是授权品种的繁殖材料 。品种权说明书虽包括植物新品种的系谱、培育过程和所使用的亲本或者其他繁殖材料来源与名称的详细说明等内容，但依据说明书公开的内容不能再培育出该申请品种，说明书的内容不是植物新品种的遗传信息的载体，不必也不能成为品种权保护的范围。植物新品种的遗传信息通过繁殖材料实现代代相传，繁殖材料才是品种权的保护范围。品种权保护的是实物，是可以繁殖新品种的材料。
发明专利权的保护范围，是其权利要求的内容。权利要求应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围；说明书应当对发明作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准。发明专利所属技术领域的技术人员按照说明书公开的技术方案可以再现该发明，发明专利的思想通过说明书实现人人相传，其权利要求的内容是发明专利权的保护范围。发明专利保护的是思想，是可以制造专利产品的技术。
4. 植物新品种和专利产品的生产方式和后果不同。
授权品种的繁殖材料和专利产品，虽然都可生产，但是两者的生产方式和后果不同。
专利产品的生产方式是制造；通过制造再现专利产品。制造是生产原先没有的，如用配件制造汽车；制造出的产品与所用原料的性能和形态都不同。这种生产是把一个物品或物质改变成另一个物品或物质，发生了质的变化。
植物新品种的生产方式是繁殖；通过繁殖实现植物新品种的繁衍。繁殖是生产原先已有的，如种瓜得瓜、种豆得豆；收获的瓜或豆与种植的瓜或豆之间的特征特性都相同。这种生产只是量的变化，不发生质的变异。
5. 生产授权品种和发明专利产品，对权利人和繁殖材料的依赖性不同。
（一）生产授权品种，对品种权人具有依赖性。
授权品种的繁殖材料，必须来自品种权人（包括直接的或间接的、合法的或非法的）。没有品种权人提供授权品种的繁殖材料，任何人都不可能依据申请公告公告的对育种过程和育种方法包括系谱、培育过程和所使用的亲本或者其他繁殖材料来源与名称的详细说明生产出授权品种及其繁殖材料。没有品种权人提供，任何人都不可能获得授权品种的繁殖材料。授权品种的生产，对品种权人合法授权并提供繁殖材料，具有依赖性。
专利产品不同，所属技术领域的技术人员，自公报的专利申请说明书中获知申请人对发明作出的清楚、完整的说明内容，即能够实现该专利。专利产品的生产，对专利权人没有依赖性。
（二）生产授权品种，对繁殖材料具有依赖性。
没有授权品种的繁殖材料，任何人（包括品种权实施的被许可人或品种权转让的受让人以及所属技术领域的全部技术人员）都不可能生产出授权品种及其繁殖材料。有了授权品种的繁殖材料，任何人即使不了解授权品种的育种过程和育种方法（包括系谱、培育过程和所使用的亲本或者其他繁殖材料来源与名称的详细说明），即使不是所属技术领域的技术人员，也能“种瓜得瓜”、“种豆得豆”。也就是说，生产授权品种的繁殖材料，对授权品种的繁殖材料，具有绝对的唯一的依赖性。
专利产品与授权品种不同，所属技术领域的技术人员只要自公报的专利申请说明书中获知申请人对发明作出的清楚、完整的说明内容，没有专利产品，也可以制造出专利产品。制造专利产品依赖的是专利技术，对专利产品没有依赖性。
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