断奶是仔猪出生后最大的应激因素，仔猪早期断奶容易发生腹泻，其原因主要有以下几方面：
（1）仔猪胃肠分泌机能不完善
仔猪整个消化道发育最快的阶段是在20～70日龄。仔猪出生后的最初几周，胃内酸分泌十分有限，一般要到8周以后才会有较为完整的分泌功能。这种情况严重影响了8周龄以前断奶仔猪对日粮中蛋白质的充分消化。哺乳仔猪因母乳中含有乳酸，使胃内酸度较大，即pH较低。仔猪一经断奶，胃内pH则明显提高。
仔猪消化道内酶的分泌量一般较低，但随消化道的发育和食物的刺激而发生重大变化。其中碳水化合物酶、蛋白酶、脂肪酶会逐渐上升。
（2）微生物区系不健全
哺乳仔猪消化道的微生物是乳酸菌，它可减轻胃肠中营养物质的破坏、减少毒素产生、提高胃肠黏膜的保护作用、有力地防止因病原菌造成的消化紊乱与腹泻。乳酸菌最宜在酸性环境中生长繁殖。断奶后，胃内pH升高，乳酸菌逐渐减少，大肠杆菌逐渐增多（pH为6～8时环境中生长），原微生物区系受到破坏，导致疾病发生。
（3）仔猪的免疫状态差
新生仔猪从初乳中获得母源抗体，在1周龄时达最高峰，然后抗体滴度逐渐降低。第2～4周龄母源抗体滴度较低，而主动免疫也不完善，如果在此期间断奶，仔猪容易发病。
（4）应激反应强
仔猪断奶后，因离开母猪，在精神和生理上会产生一种应激，加之离开原来的生活环境，对新环境不适应，如舍温低、湿度大、有贼风，以及房舍消毒不彻底，常因长时间吃不上奶过度饥饿后猛吃饲料，从而加重了胃肠的负担，容易导致消化机能紊乱，而发生条件性腹泻。
仔猪断奶后，离开母猪，不再吃母乳，由于环境发生变化，易烦躁不安，寻找母猪，食欲减退。因过度饥饿后过量采食饲料，加重胃肠的负担，导致消化机能紊乱，引起腹泻。
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