员工申请公司破产流程如下：
1、进入破产清算程序
公司进入破产程序按以下步骤进行：
（1）首先，严重亏损，无力清偿到期债务的公司，由其债权人或债务人向公司所在地法院提交破产申请；
（2）其次，人民法院依法裁定并宣告企业破产，企业由此正式进入破产程序。
2、成立2015企业破产清算小组
企业进入破产程序后，由人民法院自宣告之日起15日内成立清算组，清算组由人民法院与同级人民政府协商指定，由相关人员包括律师、会计师等专业人员组成；
3、破产企业的全面接管
清算组正式成立，并进驻破产企业后，清算组便正式替代破产企业以其自身名义进行运作，对破产企业的全面接管，包括破产企业印章的接收；破产企业法人营业执照的接收；破产企业重要文件、合同的接收；破产企业财产的接收等。清算组作为替代破产企业运作的实体，还须对破产企业进行必要的管理；
4、破产企业的财务审计
对破产企业的财务进行审计，如公司注册登记情况、股东情况及股权比例情况，破产企业注册资本情况及到位情况；帐目记录情况，财务审批情况，如负责人、支出程序等，财务帐册及原始凭证的真实和完整情况；
5、破产财产的清理、清算：
（1）破产企业财产的清理，这主要是指清算组对破产企业的财产进行权属界定、范围界定、分类界定和登记造册的活动；
（2）对外投资的清算：企业的对外投资包括项目投资、证券投资和股权投资三种形式；
（3）对外债权的清算：将真正的对外债权清理出来，将所谓的对外债权清理出去；对已确认的对外债权进行实际追讨；
（4）破产债权的清理：破产企业合同的清理；破产企业涉诉案件的清理。
6、制定破产财产分配方案：
（1）破产财产总额及构成；
（2）应优先拨付的破产费用总额及构成；
（3）破产企业所欠员工工资和社会保险费用总额及构成；
（4）破产企业所欠税款总额及构成；
（5）提留款总额及构成；
（6）用于破产债权分配的财产总额及构成。
7、制定破产清算报告
制作一份破产清算报告，提交债权人会议和法院。破产清算报告的内容包括：破产清算组的成立情况；清算组完成的主要清算工作；破产企业大宗资金的走向及回收情况；企业破产原因分析；破产清算案待研究和待完善、待解决的问题。
【法律依据】：
《中华人民共和国企业破产法》第六条
人民法院审理破产案件，应当依法保障企业职工的合法权益，依法追究破产企业经营管理人员的法律责任。
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