通常所说的消毒是指经过高压或常压灭菌后，菌种瓶冷却至室温，为了将纯菌种接入菌种瓶内，就必须创造局部相对无菌的接种空间，为此就得采用物理或化学方法对局部空间进行消毒，使飘浮的大部分微生物致死。换句话说，就是净化接种的空间。此外，栽培前为了改善菌种培养及菌棒栽培环境，尤其是老菇棚、菌种场的空间及卫生条件等，统称为消毒。消毒的方式主要有以下几种：
（1）巴氏消毒
在60～66℃的温度下，可以把大部分营养菌杀死，如双孢菇培养料的后发酵过程，能杀死有害于蘑菇的杂菌和害虫。
（2）沸水消毒
主要用于金属器具、针筒等的消毒。在沸水中烧煮20～30分钟，可杀死微生物的营养体，细胞芽孢则需1～2小时才能杀死。若在水中加入2%～5%的碳酸溶液少许，可大大缩短消毒时间；加入1%碳酸氢钠可提高水的沸点，加速芽孢死亡，并能防止金属器械因烧煮而生锈。
（3）干燥消毒
利用物质干燥使微生物失水，以达到杀菌或抑菌的目的。微生物细胞含有70%～90%的水分，微生物失水后就会趋向死亡。人们常利用这一特性来对食品（如干香菇、木耳）、药品等作较长期的保存。
（4）渗透压消毒
利用高渗透压或低渗透压杀菌或抑菌的方法称渗透压消毒。通常用的盐溶液浓度为20%左右，糖溶液浓度为50%～70%。
（5）化学药剂消毒
这是利用化学药剂进行杀菌或抑菌的方法。下面介绍几类主要消毒药剂：
石灰：有生石灰与熟石灰之分。其机理是能水解蛋白质和核酸，使酶系统受破坏，并能分解菌体中的糖类。1%～3%的石灰水可起到很强的杀菌作用。在菇房及其周围环境，须用生石灰进行消毒，因为熟石灰长时间暴露在空气中，可吸收空气中的二氧化碳，形成没有杀菌作用的碳酸钙。
石硫合剂：与石灰配制的波尔多液，常用作菇房及床架的消毒。波尔多液是以硫酸铜石灰等量式100～200倍的配合式，即硫酸铜1千克，石灰1千克，水100～200升。配制时先将硫酸铜、石灰分别在水中溶化，同时倒入另一只木桶或大缸内，边倒边搅拌，即成天蓝色的波尔多液。配制要用木桶或陶瓷的盛器，随配随用，不宜久贮。使用时用喷雾器喷洒。
煤酚皂液（C6H4CH3OH）：是一种表面活性物质消毒剂，又称来苏尔，为含50%煤酚的肥皂溶液。它的杀菌机制与石炭酸相同，杀菌效力比苯酚大4倍，且对皮肤的刺激比碳酸小，常用浓度2%～4%，用于皮肤、接种室（箱）、培养室台面、地面、工具等的消毒，常安排在熏蒸后、接种前使用。煤酚皂液除本身具有较强的杀菌作用外，还具有沉降尘埃、菌体和中和甲醛气体作用，使空间更洁净、舒适。
乙醇（C2H5OH）：又称酒精。是良好的脱水剂、蛋白质变性剂及脂溶剂，70%～75%乙醇杀菌效果最好。无水酒精及95%酒精杀菌力很低，其原因是高浓度的酒精具有很强的脱水作用，与杂菌菌体接触后，会立即引起菌体表层蛋白质的凝固，形成一层保护膜，使酒精分子无法进一步渗入菌体细胞内。
甲醛（CH2O）：有辛辣臭味，易溶于水，对人眼、鼻有强烈刺激作用。甲醛溶液又称福尔马林，含甲醛37%～40%，有较强的腐蚀性与刺激性，是一种强还原剂。它的杀菌机理是：与微生物蛋白质的氨基结合，使其蛋白质凝固变性达到杀菌的目的。0.1%～0.25%的甲醛溶液，在6～12小时内能杀灭细菌、芽孢及病毒。对使用时间较长、污染较重的接种室（箱）或培养室，可采用甲醛与高锰酸钾混合熏蒸的方法进行彻底灭菌。常用方法有两种，一种是按每立方米空间用6～10毫升甲醛溶液与半量至等量的高锰酸钾混合进行氧化反应，放出热量，使甲醛沸腾挥发。接种室一般熏蒸12小时，接种箱熏蒸0.5小时。另一种方法是将甲醛溶液直接置小电炉或火盆上加热蒸发。此法需人看管，但效果好。因为甲醛挥发过程中水分也因加热而蒸发，提高了空间湿度，增强了消毒灭菌效果。消毒后的接种室应在12小时后，加热蒸发等量氨水或喷入3%煤酚皂液进行中和，再待6～10小时才能进入操作。
5%甲醛溶液还常用于防腐及作物种子表面消毒；用于器械消毒，浸泡1～2小时。
高锰酸钾：紫色针状结晶，是一种常用的强氧化剂。稀释1000倍到1250倍的高锰酸钾溶液都具有杀菌作用，0.5%～1%的高锰酸钾水溶液在5分钟内可杀死大多数细菌；5%的水溶液1小时内可杀死细菌芽孢，但对霉菌的杀伤力较弱；0.1%的高锰酸钾水溶液常用于皮肤、玻璃器皿的消毒，但要随用随配。因高锰酸钾可以和培养料内的有机物发生化学反应被还原成无杀菌作用的二氧化锰，故不能直接用于拌料灭菌。
新洁尔灭：是阳离子型表面活性强力杀菌剂，具有芳香气味，极苦，易溶于水。对无芽孢病原菌、霉菌等具有较强的杀菌作用，效果为碳酸的10倍。消毒特点：快速、彻底、高效。原液浓度5%，常用浓度为0.1%，用作皮肤、金属器械的消毒。注意应现配现用。对人体无刺激性，对器械也无腐蚀性，是一种高效无毒的杀菌消毒抑制剂。
硫磺：常用于培养室及菇房等空间的熏蒸消毒，还可用于杀虫、杀螨。使用剂量是15～20克/米3。由于熏蒸产生的SO2的密度比空气大，容易下沉，熏蒸时，应注意将装有硫磺的容器放在空间较高的位置。为了提高杀菌效果，熏蒸前向墙壁和空间喷少量水，促使产生更多的亚硫酸，提高灭菌效果。
多菌灵：多菌灵为广谱高效内吸氨甲基酸酯类杀真菌剂，具有广谱、高效、有效期长等特点，对人、畜低毒，残效期10天左右，是食用菌生产中的一种常用的理想杀菌剂。但在使用中，由于菇农缺乏农药常识，操作不当，导致效果下降。现就多菌灵的使用方法和注意事项简述如下：
①市售的多菌灵多为50%可湿性粉剂和40%胶悬剂，前者使用更为普遍。无论选用哪一种剂型，都应购买质量可靠、信誉好的正规产品，且出厂后一年内使用为佳。超过一年且仍在有效期内的，可酌情加大剂量。
②拌料时，要严格控制药液浓度，50%可湿性粉剂的一般用量是占干料重量的0.1%，如果用量过大，不仅增加成本，还会影响菌丝生长。
③溶解粉剂时，应注意水量充足、搅拌均匀、溶解完全；拌料时料、药搅拌均匀。
④多菌灵在碱性环境中易分解失效，因此拌料时避免同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰制成混合液使用。
⑤多菌灵耐高温，在发酵、高压灭菌过程中，不受影响。
⑥多菌灵易使杂菌产生抗药性，故应与其他杀菌剂交替使用，增强杀菌效果。
⑦多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用时应适当提高培养料pH，抑制毛霉、根霉的生长。
⑧银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，栽培中应避免使用。
近年来，随着各地食用菌产业的迅速发展，在消毒剂的研制与生产方面也像雨后春笋一样不断出现，大有替代这些传统的消毒药剂之势，如克霉王、必洁士、净霉灵等，在此不再一一介绍。
一般常用的消毒方法有3类：
（1）物理消毒法
是指用物理因素杀灭或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。其特点是作用迅速，消毒物品不遗留有害物质。常用的物理消毒法有：自然净化、机械除菌、热力灭菌和紫外线辐射等。
（2）化学消毒法
是指用化学药品进行消毒的方法。化学消毒法使用方便，不需要复杂的设备，但某些消毒药品有一定的毒性和腐蚀性，为保证消毒效果，减少毒副作用，须严格执行要求的条件和使用说明。
（3）生物学消毒法
是利用某些生物消灭致病微生物的方法。特点是作用缓慢，效果有限，但费用较低。多用于大规模废物及排泄物的卫生处理，常用的方法有生物热消毒技术和生物氧化消毒技术。具体操作时根据场内不同的消毒环境、消毒对象、被消毒物的种类来选择适宜的消毒方法，以达到最佳效果。
详情答：目前猪场常用消毒药有以下种类：①含氯消毒剂。漂白粉、次氯酸钠、二氧化氯、二氯异氰脲酸钠、三氯异氰脲酸钠等。②含碘消毒剂。碘酊、碘伏、碘酸、聚维酮碘。③含溴消毒剂。二溴海因、溴氯海因。④氧化剂类消毒剂。过氧乙酸、高锰酸钾。⑤醛类消毒剂。福尔马林、2%戊二醛。⑥酚类消毒剂。2%来苏儿（煤酚皂溶液）、复合酚（菌毒敌、农福、消毒净、消毒灵、农乐）、鱼石脂、5%苯酚（石炭酸）、克辽林、菌球杀。⑦季铵盐类消毒剂。5%新洁尔灭、双长链季铵盐消毒剂、20%洗必泰、0.1%～0.5%度米芬、0.05%～0.1%消毒净、10%百毒杀（葵甲溴铵溶剂）、0.2%菌毒清（辛氨乙甘酸溶液）。⑧醇类消毒剂。酒精。⑨酸类消毒剂。2%盐酸（加食盐15%）、0.5%硫酸、乳酸、醋酸、草酸等。⑩碱类消毒剂。氢氧化钠（烧碱）、氢氧化钾、生石灰、石灰乳、草木灰水、碳酸钠等。?新型高效消毒剂。喷雾灵、高氯灵、复合醛、强氧化高电位酸性水等。
详情常用的消毒方法大致可分为3类，即物理消毒法、化学消毒法和生物学消毒法。(1)物理消毒法:是指用物理因素杀灭或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。其特点是作用迅速、消毒物品不遗留有害物质。常用的物理消毒法有自然净化、机械除菌、热力灭菌