公司亏损股东退股处理方式：
1、找到过去签订的股东合作协议书和公司章程；
2、召开股东大会，按照流程讨论退出；
3、必须要经过其他股东同意，不得恶意退股；
4、进行资产负债清算，分摊负债；
5、合理安排退股的股份交接；
6、到工商局调整股东组成；
7、股东退股，要降低影响。
股东退股即退出公司，指在公司存续期间，股东基于特定事由，收回其所持股权的价值，从而绝对丧失其社员地位的制度。
公司体系是个复杂的利益系统，各公司参与人之间的利益休戚相关，任何一方利益的变动都会影响到其他参与主体的利益。股东退股会产生公司资本减少的客观后果，公司资本的减少使公司的偿债能力下降，从而影响到公司债权人的清偿。如果股东和公司串通一气，通过股东退股逃避债务，还会构成对公司债权人的侵权。
申请条件：
1、公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
2、公司合并、分立、转让主要财产的；
3、公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
《中华人民共和国公司法》
第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。第四条 公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。