根据上述职责，市财政局设21个内设机构。
(一)办公室。
综合协调局机关政务；负责局机关文秘、督办、机要、保密、调研、档案、信访、财务、资产管理、提案议案、信息、宣传、会务、政务公开、接待管理、财政志编撰、本局职责配置等工作。
(二)法规税政处。
起草有关地方性法规、规章和规范性文件；承担有关规范性文件和行政决定的合法性审核工作；承担有关行政处罚听证、行政复议、行政诉讼应诉和其他诉讼工作；承担法制宣传教育工作；承担综合治税和税源调查工作；研究提出税制改革和税收政策调整等方面的建议；会同有关部门负责政府部门行政首长财经责任问责工作；参与国家赔偿费用审核工作。
(三)预算处。
研究提出地方财政发展战略，编制中长期财政发展规划；代编年度全市预决算草案，编制年度市级预决算草案；承担预算调整事项审核及报批工作；承担市财政与省财政结算、对区(县级市)财政总决算的批复等工作；承担地方政府性债务管理工作；拟订市对区(县级市)财政管理体制和财政转移支付制度；拟订市级预算定额标准；管理市级财力；推进基本公共服务均等化，调整优化财政支出结构。
(四)部门预算编审处。
承担部门预算基础数据库和专项经费项目库的管理工作；承担部门预算工作部署、政策咨询及相关服务工作；拟订市级部门预算管理制度，组织实施市级部门预算编审及调整工作。
(五)国库处。
承担财政总预算会计工作；承担市级财政资金、财政代管资金及全市社会保险基金的调度、监管和会计核算工作；承担代理银行的财政业务监督工作；承担市级行政事业单位银行账户开立和变更的审批和备案工作；承担财政收入退库工作；承担国债兑付及相关管理工作；统一管理市级财政资金账户；分析全市预算执行情况；拟订和组织实施财政国库管理制度；编制全市财政收支年报、旬报和月报；编制市级财政决算和汇总全市决算。
(六)综合处。
拟订全市非税收入管理制度，承担市级非税收入的征收管理，监督管理“收支两条线”工作；承担财政票据的管理工作；承担罚没财物管理工作；拟订彩票管理制度，承担彩票收益分配和彩票监督管理工作；参与行政事业性收费、政府性基金项目和标准的拟订及报批工作；监督行政事业单位住房基金使用，参与监管住房保障和住房公积金。
(七)行政处。
承担市委、人大常委会、政府、政协办公厅等有关部门的预算执行和监督工作；
(八)政法处。
承担公、检、法等有关部门的预算执行和监督工作；
(九)教科文处。
承担教育、科技、文化等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；拟订相关经费管理制度。
(十)工贸发展处。
承担交通、国资、经贸等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；承担有关财政扶持企业发展、技术创新等专项资金、补贴的管理工作；承担市级国有资本经营预算编制、执行和监督工作；拟订粮食等重要物资储备的财政政策；拟订相关经费管理制度、企业资产和财务管理制度以及国有资本经营预算制度。
(十一)农业处(挂农村财务管理办公室牌子)。
承担农业、林业、水务等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；承担契税、耕地占用税的征收管理工作；承担农村财务、农业综合开发管理工作；拟订相关经费管理制度。
(十二)经济建设处。
承担规划、国土、城建等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；承担财政性资金投资项目工程预算、结算和竣工财务决算审核工作；拟订相关经费管理制度，参与工程造价管理；参与城市建设投融资体制改革和财政性资金计划安排；参与审核财政性资金投资项目工程概算。
(十三)社会保障处。
承担人力资源和社会保障、民政、卫生等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；承担社会保险基金财政监管工作；编制市级社会保障资金预决算，审核全市社会保险基金预决算；拟订相关经费管理制度；参与社会保险基金收缴、拨付、核算等管理工作。
(十四)外经金融处(挂广州市世界银行贷款办公室牌子)。
承担外经贸、旅游等有关部门的预算执行和监督工作；分析反馈预算执行情况，提出加强预算管理的意见；承担有关涉外收入的监缴和管理工作；承担地方金融机构财务监管和市属金融企业国有资产管理工作；承担政府外债管理工作；承担非贸易非经营性外汇管理工作；拟订相关经费管理制度；指导和监督外经贸、外商投资、境外企业执行财务会计制度。
(十五)会计处。
承担广州地区会计师事务所和注册会计师行业监管工作；承担会计人员从业资格管理工作，指导监督会计电算化工作；管理全市会计工作；组织会计专业技术资格考试；组织高级会计师专业技术资格评审。
(十六)绩效评价处。
承担会计决算工作；拟订财政支出绩效评价管理的有关制度、政策、评价指标体系、评价标准和业务规范；组织实施财政支出绩效评价工作；组织开展企业、行政事业单位等会计决算报表汇总和分析工作；提出建立公共资源统计报告制度和建立公共资源数据库的建议。
(十七)行政事业资产管理处。
承担市级行政事业单位国有资产配置、处置、出租、出借、对外投资和担保等事项审批工作；承担市级行政事业单位国有资产收益的监缴工作；承担行政单位未脱钩经济实体、事业单位创办的具有法人资格的企业等国有资产管理工作；承担产权登记、产权界定、产权纠纷调处、资产评估、资产清查和统计报告等工作；拟订市级行政事业单位国有资产管理制度；拟订市级行政事业单位实物资产配置标准和相关费用标准，参与提出有关年度预算计划。
(十八)政府采购监管处。
承担政府采购方式管理工作；承担集中采购代理机构考核和社会代理机构的监督检查工作；承担全市政府采购电子信息化管理工作；承担政府采购评审专家库管理工作；处理政府采购投诉事项；监督管理市级政府采购活动；拟订全市政府采购政策、制度、政府集中采购目录及采购限额标准；参与审核市级政府采购预算。
(十九)人事教育处。
承担机关和直属单位考核任免、机构编制、人员录用、人员调配、劳动工资、人事档案、计划生育、综合治理、安全保卫、专业技术资格管理、出国(境)人员政审、报批、外派财务监督人员管理等工作；拟订本局教育培训计划并组织实施。
(二十)党委办公室(与机关党委办公室合署)。
负责局党委、机关党委日常工作；承担机关和局系统党建、宣传、理论学习、思想政治、统战、侨务、拥军优属、精神文明建设、评先等工作；指导工、青、妇等群众组织工作。
(二十一)离退休干部工作处。
负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
