珍妃是光绪最喜欢的妃子，《清史稿》中记载，她是沉井而死，时间是1900年，具体死因没有说明。世面上关于珍妃之死有很多种说法，下面逐一进行分析。
第一种说法是慈禧命人投井的。有一个电影叫《李莲英》，其中描述了这样的片段: 戊戌变法失败后，光绪皇帝被软禁在瀛台，作为光绪皇帝的有力支持者，珍妃也被关进了钟粹宫后面的北三所西侧的一个小房里。
光绪皇帝被软禁瀛台，心里很郁闷，他快要憋疯了，特别想找个人说说心里话。虽然隆裕皇后经常去看他，但他不喜欢隆裕皇后，再说了，隆裕皇后是慈禧太后的亲侄女，向她诉说心里话，她会传给慈禧太后的。光绪只想找珍妃诉说，可是他没有机会见到珍妃，于是想珍妃想得生病了。
慈禧太后派李莲英前去探视。光绪皇帝躺在床上面容憔悴。看见李莲英进来，突然从床上爬下来，跪在李莲英面前。
李莲英赶紧搀扶起光绪皇帝说，“使不得！使不得！皇帝有事儿尽管吩咐奴才，奴才办就是了。”光绪说，“请李安达安排我见见珍妃。”
在李莲英的安排下，光绪见到了珍妃。不久珍妃发现自己怀孕了。这事儿先放着，下面还会用到。
1900年8月，八国联军进北京，慈禧仓忙出逃，临行之前，吩咐太监把珍妃从钟粹宫提出，带到宁寿宫。慈禧阴沉的脸在后殿的乐寿堂去见珍妃。
慈禧说，“蛮夷打来了，她和皇帝要出去避避，带着你不方便，留下来又怕被夷人糟蹋，坏了皇家名声。”
慈禧的意思是让珍妃殉节，珍妃不想死，就说，“你去避避，让皇帝留在京城。”
慈禧说，“你这人，最大的毛病就是干预政事儿。把她扔进井里去！”
珍妃说，“我怀孕了，那是皇上的孩子。”
慈禧问，“什么时间怀的孕？我怎么不知道？”言外之意，你和皇帝俩连面都见不上，怎么怀上的？
珍妃喊，“李安达！李安达！李安达！”连喊三声，李莲英也没吱声。
慈禧问李莲英，“珍妃叫你怎么不吱声？”李莲英跪着没动，还是不吱声。
慈禧说，“把珍妃投到井里！”崔玉贵扛起珍妃就走。李莲英没动，慈禧对李莲英说，“你也去。”李莲英帮助崔玉贵把珍妃投进了井里。
这故事编的很圆满，没有丝毫漏洞。但是据隆裕皇后回忆，珍妃怀孕是在光绪被囚禁之前，因为受到杖责流产了，此后就失去了生育能力。
因此，这种说法似乎有点问题。
第二种说法是珍妃自己殉节的。这种说法来自醇亲王载沣。
载沣说，崔玉贵用毯子裹珍妃，碰到了珍妃的身体，珍妃是个烈女，觉得受到侮辱就投井自杀了。其实太监就不是男人，在清宫中，女主洗澡，宫女太监一起帮助搓身子是常事儿。更何况珍妃受西洋思想影响很深，人很开放，殉节自杀不符合她的性格。载沣的说法显然是在维护慈禧。慈禧从西安回到北京后，说珍妃殉节而死，并且对珍妃给予了表彰。
第三种说法是崔玉贵私自把珍妃投井的。珍妃是啥样的人大家都清楚，说她自己殉节没人相信。人们相信珍妃是被投进井里的。毕竟珍妃罪不致死，慈禧把她投进井里，有损她的光辉形象，于是就找个替罪羊。慈禧说，他并没有让人把珍妃投入井里，是崔玉贵自作主张。
崔玉贵犯错当然要受惩罚，不久他就离开了紫禁城。崔玉贵后来说，他离开时，慈禧派人送给他不少银子。
一个太监敢自作主张把皇帝喜爱的妃子投进井里，虽然是傀儡皇帝，但是万一哪一天他咸鱼翻身了呢！这太监的脑袋就得搬家。再说了，他和珍妃也没有私仇，犯得着把她投井吗？所以这种说法道理上不通。
大清灭亡后，崔玉贵说，把珍妃投井是他和另外一个宫女干的，是奉慈禧太后之命干的。我相信崔玉贵这时说的是真话。因为杀人首先要有动机，崔玉贵不存在杀珍妃的动机。
那么慈禧杀珍妃的动机是啥？我觉得有两点。
第一点，慈禧为隆裕太后扫清障碍。隆裕太后是慈禧的亲侄女儿，人长得比较丑，是慈禧太后硬塞给光绪皇帝的，光绪不喜欢她，整天和珍妃泡在一起，而对她十分冷落。慈禧杀了珍妃，断了光绪皇帝的念想，希望因此光绪能对隆裕皇后好些。
不过只是有这方面的因素，如果光是因为这个原因，那为啥之前没有杀，偏偏要等到离京西逃时杀？更主要的原因可能是下面一个。
第二点，慈禧西逃，珍妃成了隐患。慈禧离开京城，不便带太多人，这是事实。可是不把珍妃带上，留下她，紫禁城里珍妃地位最高。而且珍妃又是一个有文化且不安分的人，万一她在北京，帮光绪搞些事情，掌握朝廷大权，那是慈禧绝不愿意看到的。虽然珍妃不见得真的会搞出啥花样来，但是毕竟有这种可能性存在，慈禧要彻底清除这种隐患，所以杀掉珍妃。
动机存在，事实指向清楚，以此大概率慈禧就是杀死珍妃的凶手。