姜毓君的研究项目涵盖了多个领域，旨在深入探究乳制品安全与健康的相关技术。他参与了多项国家级科研项目，其中包括：
在教育部科学技术研究重点项目中，他分析了牛乳中S. aureus A型肠毒素基因表达，构建了产毒模型，保障乳制品的食品安全。
中国博士后科学基金支持的研究项目涉及SEA基因荧光PCR定量检测，与ELISA法的比较，探究了新型检测技术的精准度和实用性。
在黑龙江省，姜毓君还参与了天然褪黑素系列乳制品的研发，以及传统发酵乳制品中益生菌的筛选和益生发酵乳制品的开发，注重乳制品的健康效益。
此外，他还负责了乳制品致病菌快速检测试剂盒的研制，强化了乳制品质量控制的手段。黑龙江省博士后科研启动基金项目中，他致力于益生菌乳制品的开发，旨在生产出更健康、更安全的乳制品。
最后，他通过黑龙江省青年基金项目，深化了乳中主要致病菌的分子生物学检测技术，为乳制品的安全检测提供了关键技术支持。