首都儿科研究所附属儿童医院自成立以来，经过20多年的稳步发展，其规模不断扩大和提升。最近，医院新建了门诊医技楼和病房楼，显著改善了就诊环境和医疗设施。医院设有内科、外科、急诊科、保健科、传染科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、麻醉科、检验科、放射科、药剂科等20多个临床科室，涵盖了广泛的医疗专业，确保了医疗服务的全面性。医院共有100多名专业应诊专家，为患者提供高质量的医疗服务。
住院部设有七个专门病区，包括重症监护病区、呼吸与消化、神经与内分泌、心脏与肾脏、血液与风湿免疫内科病区，以及普外与泌尿、新生儿与骨科外科病区。重症监护和血液病区设有先进的层流病房，手术室配备了一流的设施，包括百级和千级手术间，可同时进行多例手术，保证了手术操作的精确和安全。
医院配备了先进的医疗检查设备，如核磁、CT、CR、DR、彩超、动态心电、脑电、肌电检查系统，以及自动生化分析仪和内窥镜等，为诊断和治疗提供了强有力的技术支持。
为了优化患儿就诊体验和满足个性化需求，医院划分为急诊区、普通门诊区、专家门诊区、特需门诊区、小专业科室以及儿童保健区域，方便患者选择适合的诊疗服务。此外，医院还设立了“首儿网站”和热线咨询电话，以及残疾人就诊无障碍设施，为患者提供了便捷的在线咨询服务和无障碍服务。
据统计，医院年门急诊接待超过146万人次，编制床位400张，年住院病人超过1.38万人次，手术量达到2780余例，充分体现了医院在儿科医疗领域的强大实力和高效服务。
首都儿科研究所附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院。 医院建筑风格与环境布置注重体现现代化儿童医院的特点，突出“以人为本”的服务理念，其新颖活泼的小动物标识系统、天真烂漫的儿童绘画、色彩各异的楼层墙面，消除了小患者对医院的恐惧，为其营造了温馨、舒适、人文的就医环境和条件。