一、两罪侵犯的直接客体不同
刑法第九章中渎职罪的同类客体是“国家机关的正常管理活动”。滥用职权罪与玩忽职守罪均属于渎职罪，当然其同类客体也是“国家机关的正常管理活动”。但渎职罪中的各种具体犯罪，又有其自身的特殊性，这就必须研究各种罪的直接客体，这样才能准确地掌握该罪的本质属性，划清此罪与彼罪的界限。
二、客观上的区别：
（1）行为性质上的区别：滥用职权罪在客观方面的本质属性是对职权的“滥用”。
这种“滥用”主要表现为两种情形：
超越职权的滥用，即行为人超越法定权力范围，违法决定无权决定的事项、擅自处理无权处理的事务；
违法行使职权的滥用，即行为人违反法定办事程序，胡作非为，滥施淫威，随心所欲地违法处理公务。
（2）行为方式的主要区别：
从行为方式上讲，滥用职权罪和玩忽职守罪都既可以由作为构成，也可以由不作为构成，只是行为的主要方式有所区别，即滥用职权罪主要表现为作为，玩忽职守罪多数表现为不作为。
（3）结果要件要求上的区别：
鉴于滥用职权罪与玩忽职守罪的行为人在主观恶性上有一定的差异，故在最高人民检察院《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定（试行）》中，对两种犯罪的危害结果要件作出了略有区别的司法解释。如滥用职权造成死亡1人，或者重伤2人、轻伤5人以上即可立案，而玩忽职守除造成死亡1人以外，重伤要3人、轻伤10人以上才能立案；滥用职权造成直接经济损失达20万元即可立案，而玩忽职守则要30万元才能立案等。
滥用职权罪，是指国家机关工作人员超越职权，违法决定、处理其无权决定、处理的事项，或者违反法定程序处理公务，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。
玩忽职守罪，是指国家机关工作人员严重不负责任，不履行或者不正确履行职责，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。