灵芝培养基按其营养成分、形状或用途可分多种类型。通常按物理性状、营养物质两方面分类。
（1）根据物理性状分类
根据灵芝培养基制成后的物理状态，将其分为液体培养基、半固体培养基和固体培养基。
①灵芝液体培养基。根据灵芝所需的营养成分，按一定的配比混合而成的营养液。适用于灵芝菌种生产和菌丝体生产。
②灵芝半固体培养基。液体培养基中加少量琼脂（0.2%～0.5%）或一定量的玉米粉、麸皮等，使之成为半固体状态，称为半固体培养基。适用于灵芝菌种的分离、培养和保藏母种。
③灵芝固体培养基。在液体培养基中，加入适量的凝固剂即可制成固体培养基。常用的凝固剂有琼脂、明胶、硅胶等。一般多用琼脂，琼脂的添加量根据季节不同而有所不同，冬天1.5%～2.0%，夏天2.0%～2.5%，超过2.5%，培养基易开裂，影响菌丝生长。适用于菌种的分离、培养和保藏原种用。另外，在灵芝生产中，用各种富含纤维素和木质素的木屑、棉籽壳、甘蔗渣、稻草、麦秆等作为原料，加入一定量的辅助营养物质和水，便可制成木屑或棉籽壳等培养基，这些培养基也称为固体培养基。
（2）根据营养物质分类
依据营养物质的来源，可以把灵芝培养基分为天然培养基、半合成培养基和合成培养基。
①天然培养基是指用天然有机物配制而成的培养基。如小麦、大豆、玉米、麸皮、米糠、马铃薯、秸秆、木屑、棉籽壳、甘蔗渣等农林副产品及其下脚料，以及植物组织的浸出液，如马铃薯汁、麦芽汁、豆芽汁等都可以用来配制天然培养基。这种培养基含有丰富的营养物质，来源广泛、成本低，适合于灵芝菌种分离、培养、保藏及大规模生产用。这些天然有机物化学成分比较复杂，即使是同一种物质，因产地、采收季节、提取方法和品种的不同，其营养组成和含量也不尽相同，不宜作为灵芝生理研究的培养基。
常用的天然培养基，如马铃薯琼脂培养基、木屑麸皮（或米糠）培养基和堆肥培养基等。
②半合成培养基是用成分未知的天然物质和成分已知的物质配成。如PDA培养基中的马铃薯是未知成分的天然物质，而葡萄糖是已知化学成分的物质。马铃薯的成分因品种、成熟度和施肥栽培条件不同，每次用其配成的培养基不可能是相同的。因此，在天然培养基中添加适量的无机盐，或在合成培养基中添加某些天然有机物配制而成的培养基，都称半合成培养基，是灵芝菌种生产和栽培中常用的培养基。
③合成培养基是指采用化学成分和浓度已知的有机化合物，包括碳水化合物。含氮化合物、有机酸类、无机盐及生长素配制而成的培养基。这类培养基组成和含量明确，一般用于灵芝的有关营养、代谢等生理生化研究，以及菌种的纯培养和菌种保藏。