由于 Oracle 研究人性的时间长了，对人类产生了同情，于是就在这第六次 the One 出现的时候希望避免 Zion 的毁灭。Oracle 采用了爱情策略，诱使 Neo 没有进入电脑主机。最后 Neo 以消灭病毒程序 Smith 的疯狂繁殖为条件，换取了和平，成功的拯救了 Zion 人民。
整个故事就是这样，可是由于电影太晦涩、太精简，所以还要说明一下故事是不是真的是这样。
什么设计师 Architect 后来会说 There are levels of survival we are prepared to accept. 呢？
如果是用人类来发电，人类快要灭绝的话，机器不也要灭绝了吗？当然这也可能是为了骗 N 进电脑主机然后重建 Zion 而说的话，机器不会真的要灭绝人类，因为机器也骗人的，就像整个预言就是一个骗 Neo 去见设计师的谎言一样。
虽然电影中给出的答案是这个，但是稍微思考一下即可发现这个逻辑是很有问题的，人类的生物电能是如此之弱，而供养人类活着却需要大量的能源，如此不对等的投入与产出肯定是不存在的。
那机器养着人类是为什么呢？我们放到后面尝试解答。
清楚电影讲的是一个什么样的故事。先简单的讲一下发生的故事，然后再仔细讲讲为什么故事应该是这样子的。
200年后，也就是2200年左右，人类和机器发生了一场大战，人类为了消除机器所依赖的太阳能，用离子云遮蔽了天空，但是机器最后还是让人类臣服了。
据说机器为了可以使用人类的生物电，将人类的大脑接入一个叫 Matrix 的地方，这样可以保持人类大脑的活动，以激发出生物电。
但是 Matrix 里的毕竟是人类，通过观察和思考总有觉醒者，他们知道自己生活的世界是不真实的，这样的人大概只占1%。于是设计师就让这些人从培养槽里出来，生活在真正的世界里（Zion），以避免他们在 Matrix 里影响其稳定性。
隔一段时间，Matrix 的系统都会出现很多错误和异常，系统会自动把这些错误和异常的信息和代码赋予到一个人身上，这个人就是 the One，然后由 Oracle（先知）通过散播一个谎言（预言）引诱 the One 回到电脑主机，最后以毁灭全人类为威胁，要求 the One 交出代码和信息，升级系统。
本回答被网友采纳看到了有些朋友在留言中提到的问题，为了解释，我在这里先列两条原则，请大家带着这两条原则来看这篇文章，看这部电影。
如果你听到了敲门声，你会认为是人在敲门呢，还是鬼在敲门？
大多数人应该都会认为是人在敲门吧，因为如果我们认为是鬼在敲门，就要首先多一个假设—这个世界上有鬼。这就是奥利姆剃刀原则，在解释一个现象时，一切有多余假设的解释都是没必要的。例如有些人说我们生活的这个宇宙也不是真实的，只是某种高等物种的一个程序而已，这我不能说你错，但按照剃刀原则，我会倾向于不相信你的这个结论，因为它多了一个没必要的假设。
事实上，这个宇宙不真实的理论在科学上根本不能算一个理论，因为我们还有第二条原则：
可证伪原则。在科学上，一条理论必须是“可证伪的”。例如我说“世界上没有鬼”这个理论，那么你只要找到一只鬼就能证明我错，对吧？这就叫“可证伪”。但如果我说“世界上有鬼”，那么我们要怎么证明“世界上没有鬼”呢？我们无法证明，所以这就叫“不可证伪”，因此“世界上有鬼”在科学上根本就不能作为一条理论，我们也就不用辩驳它了。
我们也可以将上文的“鬼”字，换成“上帝”二字。
好了，了解了这两条原则我们再看很多人对电影的解读就不攻自破了，有假设 Zion 也是虚拟的，有假设根本没有革命，整个故事都是机器是在测试人类的，云云吧。那么首先，电影没交代的多余的假设都是没必要的，如果 Zion 是虚拟的，电影会不明确告诉你吗？其次，如果你说我没法证明你是错的，确实 ... 我无法证明你是错的，所以我也就不用辩驳你的这个结论啦。