印加人在医学上的成就是巨大的，以草药治病和外科手术尤其显著。印加人的巫医治病，一方面利用巫术驱除妖邪；另一方面也利用草药治病。在《印加医书》一书中，记载了600多种常用来治病的草药，其中有番木、吐根、奎宁、可可、鳖和秘鲁香膏等。
印加时代的木乃伊印加人在制作木乃伊(将人体解剖，取出内脏，填充草药)的过程中，熟知了人体的结构。他们高超的有穿颅术，能够取出头部伤残的骨头碎片，并用此方法疗治精神的疾病。他们常用一种含大量酒精的饮料作麻醉药(也有一种从古柯植物的叶子里提取的麻醉药物)，手术器械主要是“T”形铜刀和锋利的石刀，手术后，再用纱布和绷带包扎伤口。他们还用烟草做成鼻烟，常用来清醒头脑。
印加时代的木乃伊