1655年(顺治十二年)，沙俄又重据雅克萨，并侵入呼伦贝尔，占领蒙古茂明安部牧地，建筑尼布楚城，称为涅尔琴斯克，作为进一步侵略的基地。清朝派人调查了雅克萨的城防形势和水陆交通情况后，一面下令筑城屯田、设立驿站、修造船只，积极做反侵略的战斗准备，一面给沙皇去信申明对黑龙江流域的领土主权，希望和平解决。
沙皇拒绝和平解决后，清朝于1685年康熙二十四年任命公彭春为统帅，佟宝和班达尔善为参赞，率军进攻雅克萨城，守敌头目额里克舍等乞降，清军让残余敌军撤到尼布楚，然后平毁了雅克萨城，回到瑷珲驻防。俄国侵略者等到援军东来后，又重返雅克萨筑城防守。清朝再次命萨布素、郎谈率军进攻雅克萨，将侵略军围困在孤城之中。在这关键时刻，沙皇派使臣到北京，要求解雅克萨之围，进行边界谈判。
派遣外交使节是和军事侵略密切配合的，沙俄早就派米洛万诺夫、尼果赖等出使中国，一面寻求通商途径，一面收集中国的政治、经济和军事情报，并无谈判诚意。只是在清朝加强防御力量，反击侵略者，他们鲸吞蚕食的阴谋受阻时，他们才响应中国政府的建议，答应进行边界谈判，派遣了戈洛文和尼布楚统领弗拉索夫为代表。清朝派领侍卫内大臣索额图、都统、公佟国纲、尚书马喇尼为代表，带着收复失地的使命去参加谈判。因为噶尔丹侵犯喀尔喀蒙古，道路被阻，中俄两国又商定以尼布楚为会议地点。
1689年(康熙二十八年)7月8日，双方代表在尼布楚开会。戈洛文提出以黑龙江为界的无理要求，索额图据理驳斥，指出鄂嫩、尼布楚和雅克萨都是中国领土，戈洛文在事实面前理屈词穷。在清朝希望早定国界，作出让出尼布楚的重大让步下，双方达成协议，签订了《尼布楚条约》。