扣工资超过劳动者当月工资收入的20%，且扣除后工资比最低工资标准还要低，这个是违法的。
但如果是因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，从劳动者本人的工资中扣除当月工资的20％，则是合理的。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
随意克扣员工工资可以向以下部门举报：
1、到劳动行政部门举报（通常是劳动管理监察大队）；
2、也可以直接申请仲裁（仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担）；
3、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
劳动仲裁的程序如下：
1、劳动者自权益受损之日起一年内，向当地的劳动仲裁委提交劳动仲裁申请；
2、仲裁委五日内审理并答复申请人的仲裁申请；
3、由三名仲裁员组成仲裁庭，在查明事实的基础上做出仲裁裁决。
综上所述，员工被公司克扣工资的行为肯定是违法的，劳动者可以向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁维权。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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