刘备不把诸葛亮留在荆州,是因为诸葛亮的作用法正没法取代的,刘备要夺取和控制益州,少了诸葛亮不行。刘备在刚入川时其实带的部队不多,在得到刘璋加强,又吞并了白水军以后也才3万多人。而且刘备只带了庞统、黄忠、魏延等人,把诸葛亮、关羽、张飞、赵云都留在了荆州。从这里可以看出,刘备把当时手下最主要的部下都留在了荆州。
刘备这个安排其实原因很简单,他入川以后并不是马上和刘璋翻脸,而需要时间熟悉一下川中情况,因此开始并不需要太强的力量。而荆州是自己的根本,必须留下足够可靠的人和部队守卫,所以他才会把诸葛亮等人和大部分部队都留在荆州。但是在他决定向刘璋动手以后,那么就要快刀斩乱麻,尽快解决刘璋,避免战事长期化。所以和《三国演义》不同的是,刘备不是在庞统死后才调诸葛亮等人入川,而是从葭萌关起兵以后,就直接命令诸葛亮、张飞、赵云等人从荆州率援军分路入川,和自己一起攻打刘璋。而此时除了庞统,法正也在刘备身边,荆州这一路张飞和赵云都是武将出身,诸葛亮显然不可或缺。
在夺取益州以后,诸葛亮的作用就更大了。在正史上,诸葛亮的政治才是他的最长项,而法正长于谋略,在内政上比诸葛亮差的多,刘备手下其他人也无法和诸葛亮媲美。因此在刘备夺取益州以后,诸葛亮又开始协助刘备整理益州的政务,加强对益州的统治。像治理益州的律法《蜀科》就是诸葛亮主持起草的,而因为《蜀科》过于严厉,法正一度还提出反对意见,诸葛亮则以《答法正书》阐明了实行严法的必要性。从事后的结果看,诸葛亮的决定是对的。也正是靠了诸葛亮,刘备才能在短时间内巩固了在益州的统治。而在刘备和曹操在汉中大战时,也是诸葛亮留守益州,调度军需粮草,发挥了极大的作用。相比之下,刘备在荆州经营多年,并不需要诸葛亮去稳定政局,所以刘备不可能把诸葛亮调往荆州协助关羽。倒是如果庞统不死的,法正和庞统中一人可以调到荆州协助关羽处理军务。