蝇蛆作为高蛋白饲料具有显著价值，粗蛋白质含量平均高达59.5%，与秘鲁鱼粉相当，是豆饼的1.3倍和骨肉粉的1.9倍。鲜蛆更是特种动物的理想活饵，如虾、蟹、鳗、黄鳝等，甚至可用于喂养美国青蛙和牛蛙等。蝇蛆培育成本低，2000克粪便可产500克，一天1立方米蝇笼可产150克，成本仅0.14元/1000克鲜蛆，价格仅为鱼粉的30%。
广西劳改养殖场的规模化生产显示，日均鲜蛆300千克，用于喂养埃及塘角鱼，增重效果显著。用蝇蛆粉代替鱼粉喂猪和鸡，可提高增重和饲料报酬。例如，100克蝇蛆粉饲喂小猪可增重7%，成本降低13.2%。农民利用蝇蛆喂养甲鱼，成本降低近半，年产值翻倍。
蝇蛆的应用广泛，适用于虾、蟹等水产动物，以及各种鸟类、哺乳动物和爬行动物。在投喂前要消毒处理，根据动物年龄调整投喂量和时间，确保健康。特种水产动物按体重5%投喂，保持水质清洁。
医学上，蝇蛆具有独特的作用。其粘液和蠕动特性有助于伤口愈合，被批准作为唯一的生物医学设备。蛆能清除伤口病菌和坏死组织，增强免疫系统。在传统医学中，蝇蛆还被用于治疗疳疾、小儿痹积和热痢吐食等疾病，具有显著疗效。
蝇蛆病是指蝇类的幼虫----蛆寄生在人体或动物体上引起的疾病。