南怀瑾最重要的两本书是：《论语别裁》和《原本大学微言》。
1、《论语别裁》
《论语别裁》是2005年复旦大学出版社出版图书，作者南怀瑾。我国著名学者南怀瑾先生撰成的《论语别裁》，是一本关于《论语》的讲演录。书中对《论语》二十篇的每一段原文，都作了详细而又生动的讲述。
不仅有篇章结构、段落联结上的提示，而且有原文义旨以及所涉人文掌故的阐发。尤为新颖的是，作者将对原文的串讲撮编为一个个历史故事，蕴意深邃而妙趣横生，这在众多的《论语》章疏中是别具一格的。
2、《原本大学微言》
《原本大学微言》是2003年复旦大学出版社出版的图书，作者是著名学者南怀瑾先生。《原本大学微言》是南怀瑾先生有关《大学》的讲记，书名中说的“原本大学”，指的是《大学》的古本《小戴礼记·大学》。南怀瑾先生以渊博的学识，综罗大量的文史典故，对《大学》中的微言大义作了揭示，给人以知识的乐趣和人生的启悟。
南怀瑾主要影响介绍：
1、投资创办企业
南怀瑾谆谆教导海外众多弟子赴中国大陆投资，引进先进科技，支持国家经济建设。1990年泰顺、文成水灾，捐资救患，在温州成立南氏医药科技基金会、农业科技基金会等。又将乐清故居重建，移交地方政府作为老幼文康中心。1997年8月，南怀瑾创办中国第一家规范的股份制企业，并作为一家中外合资企业，为后续的经济发展提供了可行的参考样本。
2、注重文化传承
南怀瑾非常关心北京大学在传承传统文化方面的作用，多次建议北大能够成立一个中国传统文化研究中心，并表示自己可以出资支持。2000年，已年逾八旬的南怀瑾在江苏吴江太湖之滨开始创办太湖大学堂，秉承宋明书院之教育，致力于优秀传统文化传道授业解惑，践行“为往圣继绝学，为天下开太平”。南怀瑾经常说：“孩子的问题是教育的问题，是人性的问题。”
以上内容参考：百度百科-论语别裁
以上内容参考：百度百科-原本大学微言