中统：
中国国民党中央执行委员会调查统计局（简称为“中统（局）”）是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构。
成立时间：中统的前身是1928年由CC系分子所组成的国民党中央组织部党务调查科。1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由CC系分子徐恩曾任处长。
1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。
职责：中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
国民党政府败退台湾后，于1954年10月，改组为司法行政部调查局。现为“法务部”辖下的“调查局”，职权重点是维护“台湾安全”和打击社会重大犯罪活动。
除接受“国安局”委托的“政治侦防”业务外，还要负责查贿、缉毒、防止重大经济犯罪等。
主要负责人：陈立夫、张厉生、朱家骅。
军统：
国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），中华民国情报机关之一。军统前身是“军事委员会密查组”（1927年）、复兴社特务处（1932年4月）、军事委员会调查统计局第二处（1937年）。主要负责人为戴笠。
1938年8月，该局重组，第一处另成为“国民党中央执行委员会调查统计局”(即中统)，而军统局仍交由戴笠负责。
职责：除负责刺探情报，进行反谍工作外，军统局亦以刺杀等手段执行情报任务。抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员，如暗杀张啸林、唐经，暗杀未成的有殷汝耕、季云卿、汪精卫、周佛海。
而隶属BIS的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默邨等。
组织形式：军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组等。每组通常由十人左右组成。
军统局内勤组织共有八处、六室、一所。"军统"的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。
此外，军统局还设有电讯组织、武装组织、训练机构以及在军、政、警、宪等机关中的控制运用组织和“特种”组织。如中共一大代表张国焘主持的特种政治问题研究所。
主要负责人：戴笠，毛人凤。
参考资料：百度百科—国民政府军事委员会调查统计局
一、区别
1、前身不同
中统的前身是1928年由CC系分子所组成的国民党中央组织部党务调查科。
军统的前身是复兴社核心组织“力行社”设立一个专门进行谍报活动的特务处。
2、分工不同
中统的作战对象除了中共，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。
而军统在抗日战争前主要进行对日情报战和暗杀活动，抗日战争后转为对付共产党。
3、人员分布不同
中统局人员分工大致有四种：一是调查工作人员（简称调工）；二是特种情报工作人员简称特情人员；三是党员调查网（简称cc党网，又称党员通讯网），是在中国国民党党内进行防共和监视其内部人员的监察人员；四是通讯员，是中统局在各机关、学校、企业内部发展的工作人员。
而军统局内勤组织分为八处、六室、一所。基本组织是“组”及直属情报员，特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。
二、职责
1、中统的职责：
中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
国民党政府败退台湾后，于1954年10月改组为司法行政部调查局。现为“法务部”辖下的“调查局”，职权重点是维护“台湾安全”和打击社会重大犯罪活动。除接受“国安局”委托的“政治侦防”业务外，还要负责查贿、缉毒、防止重大经济犯罪等。
2、军统的职责：
军统除负责刺探情报，进行反谍工作外，还需要通过刺杀等手段执行情报任务。抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员。
隶属军统的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。
而解放战争期间，军统主要对付共产党，如在11月27日对关押在渣滓洞、白公馆等地的革命志士进行了惨绝人寰的集体大屠杀，200多位革命志士倒在了胜利的黎明之前。
三、负责人
1、中统的负责人有陈立夫、张厉生、朱家骅、徐恩曾、叶秀峰、顾建中，邹学峻等。
2、军统的负责人有戴笠、毛人凤。
参考资料来源：百度百科--中国国民党中央执行委员会调查统计局（中统）
参考资料来源：百度百科--国民政府军事委员会调查统计局（军统）
本回答被网友采纳军统局是国民党军事委员会的特务机构，主要负责人为戴笠（人们常说的戴老板），1946年戴笠坠机身亡后，主要负责人变为毛人凤。主要负责军事方面情报工作、注重共党在军事方面的活动。抗日战争时和中统一样，也进行锄奸、抗日的工作，为抗战做出了重大贡献，内战时主要负责对付中国共产党。本回答被提问者采纳
1938年3月成立；
陈立夫、陈果夫领导
主要负责党政机关内部、共产党、和舆论监督；类FBI
1940年以前主要针对中共，以后主要针对日本
大部分情况只吃饭不干事
军统：国民党军事委员会的调查统计局，简称军统。主管军务方面工作
1938年8月成立；
先是与蒋介石有师生情谊的戴笠领导，后毛人凤替补
主要负责军、宪、警和对外情报安全工作；终身特务；类美国CIA
1940年以后主要以大陆为主要攻打对象
后国安局接管军统，成为单纯收集军事资料的机构
军统主要负责军事方面情报工作、注重共党在军事方面的活动。局长贺耀祖，副局长戴笠（实际负责人）。
两统负责人，后有更替，我说的是最开始的负责人。
根据你补充的问题，我再做补充回答。中统负责人，徐恩曾。
军统负责人，戴笠。戴笠1947年3月17日，坠机身亡。后继者毛人凤。
参考资料：陈立夫回忆录