法律分析：企业以土地投资入股，免缴纳增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)文件规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
但是《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)第五条关于以房地产进行投资或联营的征免税问题规定，对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定。
根据上述规定，企业将土地转让到所投资的企业从事房地产开发的，应缴纳土地增值税。若被投资企业不是从事房地产开发的，不缴纳土地增值税。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第二十八条 税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条 除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条 扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。