玩家的大本营为前作中就出现的“复仇者”号战舰。跟前作非常相似，玩家需要建造各个房间，连成一个网络，用以研究以及更深层次的建造，从基地中心开始往世界地图上扩张势力。建造新的舰室设施需要派遣工程师并花费时间。游戏中的建筑设施在基地中是以房间的形式显示，房间左上角会出现不同颜色的半身像轮廓。代表了该房间需要相应数量的科研、军事人员才能正常运行。在基地里，玩家可以选择任务、收集情报并分析敌军下一步的潜在动向。游戏中的场景共有五类，分别为都市、荒野、贫民窟、小镇、贱民区。 舱室设施说明指挥官舱室这里是游戏整体信息的查询设施，可以看到游戏运行至今的各类数据统计和当前的任务目标。包括电力、人员、维持费用、状态等等信息。这里是玩家一目了然掌握基地发展的总要信息来源。居住舱全体人员的休息场所。可以查看基地拥有的士兵、工程师和科学家，显示可供使用的就是能够直接雇佣作战或进入设施科研、制造的人员。舰桥舰桥是各类行动的指挥场所。是世界地图和基地的交互界面。从舰桥可以查看世界地图上的任务、扫描地点。可以和反抗军总部联系获取情报。实验室实验室是进行科学研发的设施。这里需要科学家进行科研。可以对实验室升级，使之能够容纳更多的科学家，加快研发进度和增加科研种类。游击战术学校这里是对士兵进行战术训练的场所。可以训练新兵，使之成为指定的兵种。这里还可以花费补给购买新战术。补给通过关卡掉落、拾取以及任务、制造获取。防御矩阵提升防御炮台属性，增强基地的防御。后期基地会遇到很多入侵事件，基地防御强可以大幅降低难度。防御矩阵需要工程师作为员工。反抗军通讯设施需要工程师维持设施运行。可以增加与反抗军的联系。反抗军可以提供大量信息、任务和资源。灵能实验室这是训练士兵成为灵能士兵的设施。可以雇佣工程师增加训练速度。解锁可以提升同时训练的士兵数量。研究舱 研究舱是复仇者号最左侧的舱室。这也是一个综合性舱室，科研类功能都能在这里找到。这里可以回顾玩家所有的研究项目档案。查看报告可以看到研发项目的功能介绍。研究通常需要一定的天数，需要科学家进行研发。研究所需要的素材通常由战斗获取，例如外星人的武器碎片、生化物质等。研发成功后就能制造新的装备道具了，游戏中剧情任务的推进道具经常就由研发获得。工程部工程部也是一个综合性舱室。从这里可以查看工程研发、制造的各舱室情况。工程部可以直接点击制造物品。物品包含武器、护甲和消耗类使用品。
