北京公交集团原有9个运营分公司，分别为：第一客运分公司、第二客运分公司、第三（双层）客运分公司、第四客运分公司、第五客运分公司、第六客运分公司、第七（专线）客运分公司、第八（
新奥）客运分公司，第九（电车）客运分公司。北京公交集团下属八方达客运公司共分为7个运营分公司：通州客运分公司（01）、
天桥客运分公司（02）、大兴客运分公司（04）、东直门客运分公司（05）、
怀柔客运分公司（06）、延庆客运分公司（08）、河滩客运分公司（09）.2016年6月26日起正式合并为如下
直属5个分公司：
第一客运分公司：由原客一、客八（新奥）合并，主要负责北部、东北部地区线路（10）
第二客运分公司：由原客五、客七（专线）合并，主要负责
东部地区线路（20）
第三客运分公司：由原客二、客三（双层）合并，主要负责南部、西南部地区线路（30）
第四客运分公司：由原客四、客六合并，主要负责
长安街线路，西部、西北部地区线路（40）
电车客运分公司未变化（90）
下属八方达公司：
八方达通州分公司：由原通州、大兴东部合并，主要负责东部、东南部地区线路（81）
八方达大兴分公司：由原天桥、大兴西部合并，主要负责南部、西南部地区线路（82）
八方达延庆分公司：由原延庆、河滩、怀柔（西部位于昌平区内的部分）合并，主要负责北部、西北部、西部地区线路（83）
八方达东直门分公司：由原东直门、怀柔合并，主要负责东北部地区线路（84）
2017年6月再次合并，撤销八方达分公司，全部改为集团直属。具体如下：
第一客运分公司：由原客一、客八（新奥）合并，主要负责北部、东北部地区线路（1）
第二客运分公司：由原客五、客七（专线）合并，主要负责东部地区线路（2）
第三客运分公司：由原客二、客三（双层）合并，主要负责南部、西南部地区线路（3）
第四客运分公司：由原客四、客六合并，主要负责长安街线路，西部、西北部地区线路（4）
第五客运分公司：由原八方达通州、大兴东部合并，主要负责东部、东南部地区线路（5）
第六客运分公司：由原八方达天桥、大兴西部合并，主要负责南部、西南部地区线路（6）
第七客运分公司：由原八方达东直门、怀柔合并，主要负责东北部地区线路（7）
第八客运分公司：由原八方达延庆、河滩、怀柔（西部位于昌平区内的部分）合并，主要负责北部、西北部、西部地区线路（8）
电车客运分公司未变化（9）