残疾人保障金申报方式如下：
1、网上申报；
（1）、申报年审：由用人单位登录“地方网上办事大厅”进行办理。点击“政务公开”→点击“省残联”→点击“按比例安排残疾人就业年审电子政务系统”→“在线申办”。
（2）、申报缴费：由用人单位登录“地方电子税务局”进行办理。
2、上门申报
（1）、申报年审：由用人单位到所在地的镇（街道）残疾人就业服务机构申报本单位上年安排的残疾人就业人数。市直属机关、事业单位和松山湖辖区用人单位到市残疾人劳动就业管理办公室申报。
（2）、申报缴费：由用人单位到所在地的税务机关申报缴纳保障金。
3、申报信息及报送资料
（1）、申报年审：用人单位需要网上填写或现场提交《按比例安排残疾人就业申报表》、残疾人职工身份证、残疾人证、劳动合同及用人单位为残疾人职工发放工资和缴纳社会保险费的有效凭证等材料。
（2）、申报缴费：用人单位需要网上填写或现场提交《残疾人就业保障金缴费申报表》，并缴纳保障金。
残疾人就业保障金是国家为促进残疾人就业而设立的政府性基金。根据有关规定，北京市行政区域内的机关、团体、企业事业单位和民办非企业单位等各类用人单位，均应按照不少于本单位在职职工总数1.7%的比例安排残疾人就业，未达到上述比例的，应当缴纳残疾人就业保障金。
综上所述，用人单位可以选择网上申报或上门申报的方式进行残疾人就业保障金申报。不需缴纳残疾人就业保障金的用人单位也要进行零申报。残疾人就业保障金的缴款方式与国家税务总局北京市税务局征收的其他税费缴款方式一致。
【法律依据】：
《残疾人就业条例》第九条用人单位安排残疾人就业达不到其所在地省、自治区、直辖市人民政府规定比例的，应当缴纳残疾人就业保障金。
第十六条 依法征收的残疾人就业保障金应当纳入财政预算，专项用于残疾人职业培训以及为残疾人提供就业服务和就业援助，任何组织或者个人不得贪污、挪用、截留或者私分。残疾人就业保障金征收、使用、管理的具体办法，由国务院财政部门会同国务院有关部门规定。
第二十七条 违反本条例规定，用人单位未按照规定缴纳残疾人就业保障金的，由财政部门给予警告，责令限期缴纳；逾期仍不缴纳的，除补缴欠缴数额外，还应当自欠缴之日起，按日加收5‰的滞纳金。
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