1、定义不同
科目：“教学科目”也称“科目”。教学中将一定的知识和技能范围划分为各个单位。如中小学的语文、数学、物理、音乐等；高等学校心理学系的普通心理学、儿童心理学、教育心理学等。
课程：课程是指学校学生所应学习的学科总和及其进程与安排。课程是对教育的目标、教学内容、教学活动方式的规划和设计，是教学计划、教学大纲等诸多方面实施过程的总和。
广义的课程是指学校为实现培养目标而选择的教育内容及其进程的总和，它包括学校老师所教授的各门学科和有目的、有计划的教育活动。狭义的课程是指某一门学科。
2、出处不同
科目：《旧唐书·李峤传》：“窃见 垂拱 二年诸道巡察使所奏科目，凡有四十四件，至于别准格敕令察访者，又有三十馀条……今之所察，但准 汉 之六条，推而广之，则无不包矣，无为多张科目，空费簿书。”
课程：“课程”一词在我国始见于唐宋期间。唐朝孔颖达为《诗经·小雅·巧言 》中“奕奕寝庙，君子作之”句作疏：“维护课程，必君子监之，乃依法制。”但这里课程的含义与我们今天所用之意相去甚远。
3、分类不同
科目：中国高等学校本科教育专业设置按“学科门类”、“学科大类（一级学科）”、“专业”（二级学科）三个层次来设置。
课程：古德莱德（Goodlad,1979）和凯珀（Kuiper,1993）详细说明了理解和现实课程的不同形式：
理想的课程（Ideal curriculum）：是科学家认为有价值的和有用的课程。这样的科学家工作与领域的前沿，他们正在对接受中等教育及高等教育的学生怎样能获得新开发的知识进行反思。
书面的课程（written curriculum）：是详细说明学习目标、相关领域内容、测验要求以及必须要达到的成绩标准文档。书面课程的详略程度，从全局性描述——例如在国家政府的官方文档中——到课本和练习册各不相同。
解释的课程（interpreted curriculum）：是教师对书面课程文档的解释。
实施的课程（executed curriculum）：是由教师建构内容、提供信息和描述学生应该解决的问题的方式所构成。
评价的课程（evaluated curriculum）：表征着通过考试、正式测验和态度调查表而得到的学生成绩。
参考资料来源：百度百科-课程
参考资料来源：百度百科-科目