朱棣发起“靖难之役”的“合法”依据，本来就是《皇明祖训》中的“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”
朱元璋是个霸道的皇帝，他生前为自己身后事考虑得可谓事无巨细、殚精竭虑了。连儿孙叫什么都规定好了的人。所以“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国”这是他起兵之时就定好的国策。他将自己的24个儿子和1个从孙分封到了边疆做起了塞王，以确保大明万世稳固。并在身后规定了《皇明祖训》，意思很简单，大家都得按照“我说的办”。不服气的大家就想想明初“三大案”。想想胡惟庸、蓝玉的结局。
但实际上对于吃瓜的大臣们而言，他们面临的最大矛盾是，当建文帝朱允炆的做法与《皇明祖训》相违背的时候，自己应该坚持什么？
所以朱棣能够得到南军的“不杀之恩”，实际上并非是朱允炆的那句“勿使朕有杀叔之名”。满朝勋贵和除建文帝心腹之外的大臣们，实际上都很“为难”，因为“削藩”有违当初朱元璋的“建藩”理念。而提出“削藩”的建文帝朱允炆，他的腰杆子并不粗，他在朝廷内没有太深的根基，而此前他父亲朱标的旧臣基本已被屠戮殆尽了。他究竟能不能强有力地担起削藩的重任？其实大家都在观望。
朱允炆的那句“勿使朕有杀叔之名”，如果适合朱元璋或者朱棣对手下人说。大家都很明确这个意思是什么？那就是在战场上，让朱棣意外身亡。千万别抓活的回来，让朱允炆为难。很简单的例子，小明王之死，朱元璋甚至都没有说话；而解缙之死，朱棣只是轻飘飘问了一句，“解缙还活着？”
但是这句话从朱允炆嘴里说出来之后，那就是“就事论事”的圣旨。放心，底下的将士们，更是认清了，自己打仗不能太拼命，你们叔侄俩随时有可能握手言和，而到时候，我们就吃不了兜着走了。
“靖难成功”之后，“朱允炆自焚”对朱棣而言并不是最佳结果。
在没有找到建文帝朱允炆的尸体的情况下，朱棣公然宣布，朱允炆烧死了，所以自己就要替朱允炆当皇帝去了。但是他的内心一直受到煎熬，因为他无法确定什么时候，朱允炆又会突然出现，毕竟自己“靖难”的理由是“勤王”，也就是来帮助朱允炆，摆脱黄子澄、齐泰这两个奸逆的。
这和汉景帝时期“诛晁错”是一个逻辑。但此刻晁错可诛，而主角朱允炆失踪了。他怎么能失踪呢？他失踪就是为了让朱棣的余生惴惴不安啊。
朱棣为了使自己更合法，曾经希望由方孝孺来给自己草拟即位诏书。因为方孝孺是读书人，他非常忠贞于儒家法理秩序。所以朱棣面对这样的人，必然是反受其辱。他好声好气地跟方孝孺讲，自己是学“周公辅成王”。方孝孺立刻反问，那么成王在哪里？朱棣无奈，说，他死了。方孝孺说，成王死了，他的儿子呢？朱棣说，还小。方孝孺又说，成王的弟弟呢？反正方孝孺的意思谁都可以当，就是你朱棣不能当。朱棣急了，我们老朱家的事情，你多嘴多舌的，写不写诏书？不写就杀了。
到了这个时候，朱棣就太被动了，他不知道民间究竟有多少像方孝孺一样的人，所以他必须派人去找到朱允炆，不然这觉没法睡安稳了。
那么朱棣千方百计要找朱允炆干嘛？“补个手续”，让自己彻底合理合法。
朱棣找到朱允炆，是要杀了朱允炆，斩草除根吗？非也。虽然朱棣是可以杀了朱允炆，但是杀了朱允炆实际上并不能够解决自己现在的“危局”。如果自己杀了朱允炆，消息被传出去，自己实际上就彻底违背的了《皇明祖训》，成了彻底的逆贼了。朱标一脉没有一个被杀，就是朱棣在力图证明自己不是谋反。从这两点来讲，朱棣是不会去杀朱允炆的。那朱棣想找到朱允炆干嘛呢？找他继续回来当皇帝？天无二日啊。自己这么拼命是干嘛的？
其实朱棣是希望“补个手续”。也就是大家耳熟能详的“禅让”手续。只有这个手续通过了，天下的读书人才能服气。等补完之后，朱允炆还是可以和自己的儿子一起守祖坟的。并且不但朱棣不会杀朱允炆，而且还会给他大量的土地和钱财。山阳公就是个很好的例子。