根据《个人所得税法》规定，工资薪金所得应当由工资支付单位在工资支付时代扣代缴个人所得税，而财政部门只是属于税务机关委托代征个人所得税的代征单位，因此，该事业单位作为个人所得税扣缴义务人，对于少代扣个人所得税应当承担税务法律责任。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定：扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
因此，由税务机关向该事业单位每个员工追缴税款，税务机关对该事业单位处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
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