军机处的设立是清代中枢机构的重大变革，标志着清代君主集权发展到了顶点。军机处成立于雍正七年(1729年)，初名“军机房”，不久改称“办理军机处”，乾隆以后省去“办理”二字，遂简称为“军机处”了。军机处本为办理军机事务而设，但因它便于发挥君主专制独裁，所以一旦出现之后，便被皇帝抓往不放，不但常设不废，而且其职权愈来愈扩大。军机处的职官有军机大臣，俗称“大军机”，有军机章京，俗称“小军机”。军机大臣由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎等官员内特选，有些也由军机章京升任。军机大臣之任命，其名目为“军机处行走”，或“军机大臣上行走”。所谓“行走者”，即入值办事之意。军机大臣没有定额，军机处初设时为三人，以后增加到四、五人至八、九人，最多至十一人。军机章京初无定额，至嘉庆初年，始定为满、汉章京各十六人，共三十二人，满、汉章京又各分两班值班，每班八人。军机章京之任命，或称为“军机司员上行走”，或称为“军机章京上行走”。 军机处成立后，议政王大臣会议于乾隆五十六年(1791年)废止了，内阁变成只是办理例行事务的机构，一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军、政大权二端，真正成为执政的最高国家机关。军机大臣无日不被召见，无日不承命办事，出没于宫廷之间。皇帝行动所到的地方，军机大巨也无不随从在侧。但军机处完全置于皇帝的直接掌握之下，等于皇帝的私人秘书处。军机处在权力上是执政的最高国家机关，而在形式上始终处于临时机构的地位，不像正式国家机关的样子。军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官兼职，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。军机大臣既无品级，也无俸禄。军机大臣之任命，并无制度上的规定可供遵循，完全出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定，一切都是皇帝临时交办的，所以军机大臣只是承旨办事而已。“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”，这些都说明军机处是皇帝集权的最好的工具。
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