中药师职称考试的科目结构丰富，分为四个主要部分：基础知识、相关专业知识、专业知识和专业实践能力。初级中药师考试涉及以下科目：
基础知识部分涵盖了中药学和方剂学，这两门课程是理解中医理论和实践的基础。相关专业知识则包括中医学基础，帮助考生深化对中医理论体系的理解；中药药理学，涉及药物在人体内的作用机制；以及药事管理，这是关于药物使用和管理的专业知识。
专业知识部分，初级中药师需要掌握中药炮制学，这是中药加工和炮制技术的学问；以及中药鉴定学，学习如何识别和鉴别各种中药。专业实践能力方面，中药药剂学和中药调剂学是必不可少的，它们关乎中药制剂的制作和调配技能。
对于中级主管中药师，考试科目略有调整，基础知识新增了中药化学，增加了对药物化学性质的理解。其余科目与初级相同，都是为了提升中药师在实际工作中的专业素养和实践能力。
为贯彻国家人事部、卫生部《关于加强卫生专业技术职务评聘工作的通知》等相关文件的精神，自2001年全国卫生专业初、中级技术资格以考代评工作正式实施。通过考试取得的资格代表了相应级别技术职务要求的水平与能力，作为单位聘任相应技术职务的必要依据。