如果你在购车后发现车辆被误标识为新车，但实为运损车，4S店否认责任，那么你有合法途径来处理。首先，考虑寻求专业鉴定机构的帮助，对车辆进行详细检验。若鉴定结果明确表明车辆存在损坏，根据相关法规，4S店的行为可能构成欺诈，你可以依法提起诉讼，并要求赔偿。购车后的头一年内，此类诉讼的成功率较高，但时间越长，取证难度越大，因此购车时选择信誉良好的4S店至关重要。
通常，4S店会将受损但不严重的问题车以优惠价格出售，可能经过修复后仍可正常使用。然而，如果损坏严重到威胁到行车安全，4S店可能会将其转售或流入二手市场。为了防范这种情况，在购车时务必谨慎选择，并确保在提车时进行全面检查，最好在户外进行，光线充足有助于发现细节。
尽管如此，即使不慎购买到运损车，也不必惊慌。如果发现车辆有瑕疵，可以向4S店提出索赔。如果他们不承认，你有权采取法律手段。但请记住，越早发现和采取行动，成功维权的可能性越大。因此，购车时务必留意车辆状况，以保护自己免受不必要的困扰。
总的来说，面对运损车问题，你有权通过法律途径解决。通过选择可信的4S店和细致的检查，你可以有效预防此类问题，并确保购车过程顺利，避免陷入不必要的纠纷。